复杂疾病遗传易感基因区域精细定位知识.pdf

Hereditas (Beijing) 2014 年 1 月, 36(1): 2 ―10 综 述 复杂疾病的遗传易感基因区域的精细定位 1,2,3,4 2,3,4 1 2,3,4 宋庆峰 , 张红星 , 马亦龙 , 周钢桥 1. 广西医科大学附属肿瘤医院介入治疗科, 南宁 530021; 2. 军事医学科学院放射与辐射医学研究所, 北京蛋白质组学研究中心, 蛋白质组学国家重点实验室, 北京 102206; 3. 蛋白质药物国家工程研究中心, 北京 102206; 4. 国家蛋白质科学中心(北京), 北京 102206 摘 要 : 以单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism, SNP) 为遗传标记, 采用全基因组关联研究 (Genome-wide association studies, GWAS) 的策略, 已经在660 多种疾病(或性状) 中发现了3800 多个遗传易感基 因区域。但是, 其中最显著关联的遗传变异或致病性的遗传变异位点及其生物学功能并不完全清楚。这些位点 的鉴定有助于阐明复杂疾病的生物学机制, 以及发现新的疾病标记物。后GWAS 时代的主要任务之一就是通过 精细定位研究找到复杂疾病易感基因区域内最显著关联的易感位点或致病性的易感位点并阐明其生物学功能。 针对常见变异, 可通过推断或重测序增加SNP 密度, 寻找最显著关联的SNP 位点, 并通过功能元件分析、表达 数量性状位点(Expression quantitative trait locus, eQTL)分析和单体型分析等方法寻找功能性的 SNP 位点和易感 基因。针对罕见变异, 则可采用重测序、罕见单体型分析、家系分析和负荷检验等方法进行精细定位。文章对 这些策略和所面临的问题进行了综述。 关键词 : 全基因组关联研究; 精细定位; 遗传易感性; 单核苷酸多态性 Fine mapping of complex disease susceptibility loci 1,2,3,4 2,3,4 1 2,3,4 Qingfeng Song , Hongxing Zhang , Yilong Ma , Gangqiao Zhou 1. Interventional Radiology Department of Affiliated Tumor Hospital of Guangxi Medical University, Nanning 530021, China; 2. State Key Laboratory of Proteomics, Beijing Proteome Research Center, Beijing Institute of Radiation Medicine, Beijing 102206, China; 3. National Engineering Research Center for Protein Drugs, Beijing 102206, China; 4. National Center for Protein Sciences in Beijing, Beijing 102206, China Abstract: Genome-wide association studies (GWAS) using single nucleotide polymorphism (SNP) markers have identi- fied more than 3800 sus