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主题 生物学哲学基础 钟晓超 2010304110207 全书梗概 • 1、面向系统生物学的哲学基础 • 2、系统生物学的研究程序 • 3、理论与模型 • 4 、生物系统中的组织 • 5、对系统生物学基础的深入思考 • 系统生物学与传统生物学（生化与分子） 的哲学基础和方法论 • 生物学的终极目标怎么理解 传统生物学的哲学基础 个体 器官 组织（细胞群） 细胞 大分子互作 基因 分子互 作（转录调控） 基于还原论的思想 传统生物学的哲学基础 • 还原论——系统由各个部分组成，并由此决定了系统的性 质。通过分解系统，研究各部分的性质就能理解整个系统。 将特殊的具体的理论还原为普遍性原理 • 还原论的前提：这个世界有基本组织，将高层次的学科还 原为低层次的学科是可能的。 • 还原论优点：简化复杂的系统，已还原的理论可通过演绎 得出新的理论。 热力学三定律推出：克拉伯龙克劳修斯方程、开尔文定律 生物学中还原论的代表：乳糖操纵子模型 传统生物学的哲学基础 • 还原论的局限：对系统的分解干扰了能量代谢和信息交流。 还原论只把生物体看做单个组分的属性之和，而没有考虑 在它们的相互作用中产生的额外属性。 对于生物体的研究还有体内体外之分。生物体内非线性的 相互作用决定了还原论不适用于生物体的研究。 1，许多调控均有阈值 生物体的非线性 2，分子间信息的传递 相互作用表现在 3，基因表达的时空性 （信号传导） 4 ，蛋白质功能的多样化 传统生物学的哲学基础 • 传统生物学（生化分子）方法论：在细胞的某个特定时期 测量和描述各个组分分子的性质和功能。 费米 Young man, if I could remember the names of these particles, I would have been a botanist!“ 传统生物学的哲学基础 传统生物学的局限： 1、不准确性：1、对于假说没有定量测试2、许多重要作用 的因子未知，假说无法验证 2、不能处理涌现性：1、理论建立于特定条件的实验上2、 定量实验的缺乏 3、不可简化性（理论） 4 、解释力弱：1、研究建立在生物体特定的时空2、参与生 命过程的组分的性质也依赖于其他组分的性质。 综上可将局限归结在两点：1、现有研究只针对生物体的特 定时空。2、定量实验及定量分析实验结果的缺乏。 传统生物学的哲学基础 解决的方法： 1、各种组学的兴起 高通量的测序 各基因时空上表达的揭示 生物信息学 各种蛋白质互作和复合体的验证 2、实验技术的进步 高通量的分析技术可提供定量的数据（RNA-seq、质谱） 现代的有机物检测技术（NMR、MS、色谱、红外等） 分子生物学也在朝定量的方向发展（Q-PCR） 系统生物学的哲学基础 • 机械论（系统论）：它试图理解这些系统内含的部件如何通过 相互作用以产生系统的行为。最后，细胞行为的机械论解释汇 总形成一个包含了细胞内所有分子现象的定量机械模型，所包 含的这些分子现象是那些所要解释的细胞行为的产生原因。 （以分子属性描述系统属性） • 机械论的特点：1、数学方法定量地描述 2、注重于部件间的相互联系 3、理论