三、结果和讨論.PDFVIP

三 、結果與討論 3-1電腦分析及模擬： 3-1-1白點症病毒胸腺嘧啶激酶－胸腺嘧啶磷酸激酶之蛋白質結構模擬 (Homology modeling) 以結構模擬的方法，我們將白點症病毒胸腺嘧啶激酶－胸腺嘧啶磷酸激 酶 、白點症病毒胸腺嘧啶激酶及白點症 病毒胸腺嘧啶磷酸激酶三者序列送 予模擬的工具─ “GENO3D＂以期得到蛋白質的三級結構，但由於其他物 種之胸腺嘧啶激酶及胸腺嘧啶磷酸激酶 為兩個各自獨立之蛋白質，故無法 在 PDB中得到類似白點症病毒胸腺嘧啶激酶－胸腺嘧啶磷酸激酶的序列做 為模板 ；而白點症病毒胸腺嘧啶激酶與其它物種序列的比對中，雖然與某 些物種的胸腺嘧啶激酶具有較高的相似性，但與已解出結構的胸腺嘧啶激 酶序列相似度卻極低 圖[ 3-1] ，故在 GENO3D中無法實現三級結構的模擬； 至於白點症病毒胸腺嘧啶磷酸激酶則找到具有大於 40%[圖 3-2, 3-3]序列相 似性且已解出三級結構之蛋白質[圖 3-4A ]，查詢這些序列發現皆為人類胸 腺嘧啶磷酸激酶 ，而這結果表示白點症病毒胸腺嘧啶磷酸激酶與人類胸腺 嘧啶磷酸激酶三級結構可能具有的高度 相似性。利用不同的模板模擬出多 個白點症病毒胸腺嘧啶磷酸激酶的三級結構後，接下來要進行更進一步的 篩選。 軟體 PROCHECK可用來分析關於主鏈與側鏈的旋轉角度是否合理 ，這 兩個分析分別利用胺基酸主鏈與側鏈旋轉角度上的空間障礙所得到的合理 角度分布圖 ，主鏈的分布圖稱為Ramachandran圖表 ，而側鏈則依據其角度 名稱而稱為 chi1-chi2圖表。利用這個軟體來分析各個模擬出的結構，發現 每個模擬結構的主鏈都大約有 60% ~ 80%處於良好的角度，而側鏈更是極少 角度狀態不佳 。因 此選出主鏈角度 70%以上良好的結果 ，再由 Verify_3D 以 及 Errat 執行第二次的篩選。 Verify_3D是利用一個以胺基酸在不同環境下依據表格定義每個胺基酸 分數，環境一共有六種：(1)深埋 、疏水(buried; hydrophobic) ；(2)深埋 、普 38 通極性 (buried; moderately polar); (3)深埋 、極性 (buried; polar); (4)部份埋入 、 普通極性 (partially buried; moderately polar); (5)部份埋入 、極性 (partially buried; polar); (6)暴露於溶劑中 (exposed to solvent) 。而每一種又可分為螺 旋 、平板 、以及其它。而在統計 100個蛋白質三級結構後，定義出若是有 80%的胺基酸得到的分數在 0.2 以上，便是一個良好的結構。而Errta則是 利用蛋白質中六種原子與原子 (CC, CN, CO, NN, NO, OO)間非共價鍵鍵結 不隨機分布的特性來確認蛋白質結構的可靠性 ，一般而言分數在 90 以上算 是良好的結構 ，而若是解析度高的蛋白質結構 ，分數更在 95 以上 。因 此我 們在利用 Verify_3D 以及Errat 分析後，選出了以 PDB編號 1NMZ(人類胸 腺嘧啶磷酸激酶)為模板所得的模擬結構，其模擬計算出的能量 (Models energy)為-8867.61kcal/mol 、二級結構以及三級結構與模板相似圖[ 3-3, 3-4B] 、Ramachandran polts有 77.9%位於最佳區域圖[ 3-5] 、chi1-chi2 plots 僅有 3個殘基位於不佳的位置 、Verify_3D測試分數大於 0.2的比例為 91.62%[圖 3-7] 、Errat得分為 99.451[圖 3-8] ，並命名為TMK_M ，同時也 標示出本篇討論到的幾個胺基酸間 Cα的距離 圖[ 3-9] 。 39 VaricellaZoster_Virus MSTDK