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第五章 基因表达调控;RNA与转录调控
真核生物的RNA种类与不同的RNA聚合酶
活性染色质结构是基因转录的前提
转录过程与调控
起始
延伸
终止
转录后水平的调控
RNA的剪接与加工
RNA的转运;基因表达(gene expression);RNA与转录调控;结构性RNA(占细胞总RNA的95%)
核糖体RNA(Ribosomal RNA,rRNA)
转运RNA(transfer RNA,tRNA)
核小RNA (small nuclear RNA,snRNA)
核仁小RNA (small nucleolar RNA,snoRNA)
功能性RNA(不均一RNA,占细胞总RNA的5% )
信使RNA(messenger RNA,mRNA)及其前体
非编码RNA(non-coding RNA)及其前体
microRNA
lncRNA (long non-coding RNA);Ribosomal RNA(rRNA)
组成核糖体核酸组分
真核生物包括28S、18S、5.8S(以前体形式转录为45S RNA,经剪接加工后产生)和5S rRNA
存在多种碱基修饰
提供核糖体骨架和催化活性位点
占细胞RNA总量的80%
;transfer RNA(tRNA)
大小:70~90nt,存在多种碱基修饰
种类:约80种,约占细胞RNA总量的15%
结构
二级结构——三叶草,“三环一臂”(D环、TψC环、反密码子环、(额外环)、氨基酸臂—3‘末端 CCA+Amino acid)
三维结构——“L”型
功能:运载氨基酸至核糖体进行蛋白合成;核小RNA(small nuclear RNA,snRNA)
以核糖核蛋白颗粒(snRNP)形式存在于细胞核内
包含U1、U2、U4、U5、U6成员
功能:与蛋白结合形成剪接体(spliceosome),参与mRNA前体的剪接(splicing)
;核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)
独立转录或来源于其他转录基因的内含子
包括H/ACA型和C/D型两种主要类型,共约40种
参与rRNA的剪切、加工(碱基修饰)与核糖体的组装;信使RNA(messenger RNA,mRNA)——遗传信息的传递者(编码蛋白产物)
成熟mRNA 5’端具有帽子结构
3’ 端有polyA尾巴
mRNA中包含蛋白读码框
(open reading frame,ORF
/coding sequence,cds)
非编码RNA(non-coding RNA)
——无蛋白读码框
;microRNA;长非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)
长度200bp ,无读码框,属不均一RNA
预测占基因组4%~9%
转录形式(来源)多样:正向、反向、双向、内含子中、基因间……
功能多样
;RNA是由RNA聚合酶(RNA polymerase)催化合成的。
以DNA为模板合成RNA的过程称为转录(transcription)
真核生物含有三种RNA聚合酶
RNA polymeraseⅠ——转录45S rRNA前体(结构性RNA)
RNA polymeraseⅡ——转录mRNA、pri-microRNA、lncRNA(不均一RNA,功能性RNA),snRNA(U1~U5)、snoRNA
RNA polymeraseⅢ——转录tRNA、5S rRNA、snRNA(U6)、少部分microRNA(小RNA,结构性RNA)
每种RNA聚合酶都包含多个亚基(~12个),聚合体总分子量超过500kDa。;Example:Structure of RNA polymeraseⅡ;启动RNA转录的必要条件
染色质重构产生活性染色质结构
反式作用因子(转录因子、辅激活子)识别并结合启动子/增强子上的顺式作用元件
募集特定RNA聚合酶到转录起始点
转录过程
起始(initiation)
延伸(elongation)
终止(termination)
RNA转录后需进行加工与转运;启动RNA转录前需克服染色质的表观修饰障碍
;发生在转录起始前调控——染色质重构(chromatin remodeling)
BRG1-Swi/SNF complex
结合于染色质特定位点(具
有基因与DNA序列特异性)
BRG1-Swi/SNF complex
引发核心组蛋白相对DNA
的滑动或解离(被置换)
一段含有特定序列(顺式作
用元件)的游离双链DNA
被暴露,被特异性转录调控
复合物识别结合,启动转录
;启动子与增强子包含顺式作用元件
顺式作用元件(cis-acting element):位于基因的旁侧,可以调控基因表达的核酸序列。
启动子(promoter):位于转录起始点附近(通常位于起始点上游200bp的范围内)
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