第六章系统发生分析2.pptVIP

第一节 系统发生与系统发生树 基本概念： 系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系 系统发生树（phylogenetic tree）——表示形式，描述物种之间进化关系 系统发生树性质： （1）如果是一棵有根树，则树根代表在进化历史上是最早的、并且与其它所有分类单元都有联系的分类单元； （2）如果找不到可以作为树根的单元，则系统发生树是无根树； （3）从根节点出发到任何一个节点的路径指明进化时间或者进化距离。 对于给定的分类单元数，有很多棵可能的系统发生树，但是只有一棵树是正确的。 系统发生分析的目标 ——寻找这棵正确的树 ３、系统发生分析步骤 （1）序列比对 （2）确定替换模型 （3）构建系统发生树 （4）评价所建立的树 计算序列之间距离 令S(i,j)是序列i和序列j比对位置得分的加权和 两类数据： 距离 离散特征 离散特征数据可分为 二态特征——例如：DNA序列上的某个位置如果是剪切位点 多态特征——例如：某一位置可能的碱基有Ａ、Ｔ、Ｇ或Ｃ 系统发生树的构建方法分为两大类： 基于距离的构建方法 非加权组平均法 邻近归并法 Fitch-Margoliash法 最小进化方法