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第一章引言…………………………………………………………………………．1
第一节沙门氏菌的研究现状………………………………………………………．1
1．1．1沙门氏菌的生物学特征及分类……………………………………………………………1
1．1．2多重抗药性沙门氏菌的威胁………………………………………………………………2
1．1．3沙门氏菌的致病性及致病机制……………………………………………………………2
1．1．4钴胺素在沙门氏菌中的合成……………………………………………………………．19
第二节高通量测序与转录组学…………………………………………………．．23
1．2．1RNA．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．：!—4．
1．2．2高通量测序技术…………………………………………………………………………．24
第三节原核转录组研究现况……………………………………………………一29
1．3．1转录组研究方法…………………………………………………………………………．30
1．3．2转录组的复杂性…………………………………………………………………………．32
1．3．3宏转录组…………………………………………………………………………………．37
第四节核酸结合蛋白FIS的研究背景……………………………………………39
1．4．1核酸结合蛋白……………………………………………………………………………．39
1．4．2
Fis蛋白…………………………………………………………………………………………………………………50
1．4．3Fis影响沙门氏菌与大肠杆菌的DNA超螺旋化…………………………………………52
1．4．4
Fis蛋白在转录调控中的作用……………………………………………………………．53
1．4．5
Fis蛋白在基因组上结合位点的研究进展………………………………………………．61
第五节本课题的研究内容及意义………………………………………………一66
第二章材料与方法………………………………………………………………．．68
第一节实验材料…………………………………………………………………．．68
2．1．1菌株与细胞株……………………………………………………………………………．68
2．1．2基因组与引物……………………………………………………………………………．69
2．1．3仪器和设备……………一：………………………………………………………………．．76
2．1．4试剂及试剂盒……………………………………………………………………………．77
第二节实验方法………………………………………j…………………………．80
2．2．1细菌培养…………………………………………………………………………………．80
2．2．2基因克隆，敲除与插入…………………………………………………………………．80
2．2．3RT-PCR．…．…．…．…．………．．…．……．…．…．…．……………．．………．…．……．．．．．…．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．￡11
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2．2．4染色体免疫共沉淀(ChIP．Seq)样品制各………………………………………………82
2．2．5转录组测序样品制备……………………………………………………………………．82
2．2．6文库构建与测序…………………………………………………………………………．84
2．2．7细胞侵染实验……………………………………………………………………………．84
2．2．8胶迁移实验………………………………………………………………………………．85
2．2．9预测的sRNA5’末端测定…………………………………………………………………86
2．2．10生物信息学分析…………
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