改善DiscoveryStudio软体之蛋白质配体嵌合评分函数.PDFVIP

行政院國家科學委員會專題研究計畫 成果報告 改善 Discovery Studio軟體之蛋白質配體嵌合評分函數 研究成果報告(精簡版) 計 畫 類 別 ： 個別型 計 畫 編 號 ： NSC 99-2622-E-027-003-CC3 執 行 期 間 ：99年06月01日至 100年05月31日 執 行 單 位 ：國立臺北科技大學化學工程與生物科技系 計 畫 主 持 人 ： 劉宣良 計畫參與人員： 博士班研究生-兼任助理人員：周政利 博士班研究生-兼任助理人員：廖晃聖 公 開 資 訊 ： 本計畫涉及專利或其他智慧財產權，研究成果報告(精簡版)2 年後可公開查詢 中 華 民 國 100 年 12月 12 日 中 文 摘 要 ： 阿茲海默症是神經退化性疾病其中的ㄧ種，病因是由於原本 正常蛋白發生不正常的突變後堆積在腦部時便會對神經細胞 產生毒性而造成神經細胞的死亡。過去的研究指出，治療阿 茲海默症的藥物除了避免amyloid (A )的過度產生外也 有針對抑制acetylcholinesterase (AChE)活性的過度表現 當做設計藥物的目標。傳統藥物的開發由選取候選藥物 (candidate drug)到通過臨床實驗上市，一種新藥平均約需 12年，成本約4.5億美金(超過100億新台幣)，這樣耗時及 高成本的發展方法，無疑無法滿足未來市場對新藥的鉅大需 求。因此，電腦輔助藥物設計在現今因具有高速與價格低廉 的優勢，已被廣泛的應用在開發各種的新藥上，包含了高速 藥物篩檢(high-throughput screening)、分子嵌合 (molecular docking)、藥物虛擬篩選(virtual screening) 等技術，其中的分子嵌合可以以原子尺度下透過軟體估算出 各類配體可能和目標蛋白的結合情形， 再搭配評分函數 (score function)選取最有可能的蛋白質-配體的複合物結 構。而目前評分函數的不完善及無法反應酵素的binding affinity一直視為是電腦輔助藥物設計上一個困難點的所 在。有鑑於此，本篇研究將直接以AChE和抑制劑的交互作用 力透過QSAR(Quantitative Structure Activity Relationship)的計算後來產生一個新的評分函數，再與 Accelrys DS 2.5內建的評分函數和consensus scoring做 比較，來驗證新的評分函數是否能提升分子嵌合的可信度。 中文關鍵詞： 阿茲海默症、乙醯膽鹼酵素、分子嵌合、評分函數、結構與 活性定量分析 英 文 摘 要 ： Alzheimer’s disease (AD) is a neurodegenerative disorder caused by protein misfolding, and aggregation in the brain is cause cel