第七讲常用分子生物学技术原理及应用(二).pptVIP

蛋白质组学的概念及发展进展 对应于基因组的所有蛋白质构成的整体，不是局限于一个或几个蛋白质。 同一基因组在不同细胞、不同组织中的表达情况各不相同 。 在空间和时间上动态变化着的整体。 蛋白质组学(proteomics) 指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。 主要研究内容 功能蛋白质组学(functional proteomics)的提出 功能蛋白质组：细胞在一定阶段或与某一生理现象相关的所有蛋白质。 介于对个别蛋白质的传统蛋白质化学研究和以全部蛋白质为研究对象的蛋白质组学之间。 从局部入手研究蛋白质组的各个功能亚群体。 将多个亚群体组合起来，逐步描绘出接近于生命细胞的“全部蛋白质”的蛋白质组图谱。 1997年召开了第一次国际“蛋白质组学”会议 1998年在美国旧金山召开了第二届国际蛋白质组学会议 1999年1月在英国伦敦举行了应用蛋白质组会议 我国也于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科院上海生物化学研究所举办了两次全国性的蛋白质组学研讨会 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO），并分别于2003年9月、2004年8月以及2005年8月召开了中国蛋白质组学首届、第二届及第三届学术大会，2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白质组学会议。 Samples and clinical data 825 patients（466 tumours from 463 patients had data） Agilent mRNA expression microarrays (n=547), Illumina Infinium DNA methylation chips (n=802), Affymetrix 6.0 single nucleotide polymorphism (SNP) arrays (n=773) miRNA sequencing (n=697) whole-exome sequencing (n=507) reverse-phase protein array (RPPA) data (n=403) 30,626 somatic mutations: 28,319 point mutations: 6,486 silent, 19,045 missense, 1,437 nonsense, 26 read-through, 506 splice-site mutations 819 mutations in RNA genes. 4 dinucleotide mutations, 2,302 insertions/deletions (indels). Significantly mutated genes in breast cancer HER2-based classifications and summary analysis High mRNA expression correlations with serous ovarian cancers, as well as with lung squamous carcinomas. the activity of platinum analogues and taxanes in breast basal-like and serous ovarian cancers. * * * 美国国立癌症研究院（NCI）投资1000万美元建立肺、直肠、乳腺、卵巢肿瘤的蛋白质组数据库。 NCI和FDA共同投资数百万美元建立癌症不同阶段的蛋白质组数据库。 英国建立三个蛋白质组研究中心对已完成或即将完成全基因组测序的生物体进行蛋白质组研究。 Celera公司投资上亿美元独自启动了全面鉴定和分类汇总人类组织、细胞和体液中的蛋白质及其异构体，构建新一代的蛋白质表达数据库的工作。 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计划项目和“863”计划项目；国家自然科学基金委员会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。 我国在鼻咽癌、白血病、肝癌和肺癌蛋白质组研究方面取得了较大的进展。 蛋白质组学研究内容 蛋白质组学研究的基本技术 蛋白分离技术： （1）经典双向电泳方法 （2）DIGE （3）SILAC （4）iTRAQ 质谱技术: 蛋白鉴定、