原创力文档- 1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
Modeller多序列建模简单教程
1.下载目的基因氨基酸序列，faste格式
2.准备目的序列qseq1.ali文件，将faster格式文件修改为下列形式：
P1;qseq1
sequence:qseq1:::::::0.00: 0.00
MNKKTITKVFSILSSTAMLPILSSINVTADTVTTEGVKYEFEKGISNGAQIYTDYTGTTDDGLPIDLKGA
SCSFIGQKGTSTSVDINVDKAGLYELIVNYAEPFDKNKKVQYLNVNGTNQGEVSFPYSLGWKNLSAGIVK
LNAGTNNIQFESYWGYTFFDYLIVKPADESITNLKGDKTLVNPNATNEAKALKSYLADVYGKHIISGQQE
LCGSHNYSGSESDFAYIKEKTGKMPALRGFDFMNYRGNGLLWDDNCAERVIDWYKNQNGIPTVCWHWFSP
GNIGKKGDSSFYTKDTTFSISKALTPGTEENTAMMNDIELMAGKFKQLQDAGVPVLFRPLHEAEGGWFWW
GAEGPENCVKLYRLLYDQFTNKYGLNNLIWVWTSYTYETSPQWYPGDDVVDIVGYDKYNAKDGKPNGSAI
SSTFYNLVQATGGKKLVTMSENDTIPQVSNLTNEMAGWLYFCPWYGYWLTGEQNNPVSWLNEIYNSDYCI
TLDELPNLKTYPISSTIDPKITYGDLNGDTKINAIDMALMKSYLLGNITEFKVPIAAADLDGNKSVNAID
LALLKKYLLGNLSIFPSNGK*
修改名称，并加*，另存为qseq1.ali文件
3.下载模板，blastp中搜索pdb数据库，选取前几位晶体解析基因，去PDB数据库下载.pdb文件，分别编号tseq1、tseq2、tseq3、tseq4。
4.准备脚本：
（1）复制下列文本至一新的写字板中
# Illustrates the SALIGN multiple structure/sequence alignment
from modeller import *
log.verbose()
env = environ()
env.io.atom_files_directory = ./:../atom_files/
aln = alignment(env)
for (code, chain) in ((tseq1, A), (tseq2, A), (tseq3, A), (tseq4, A)):
mdl = model(env, file=code, model_segment=(FIRST:+chain, LAST:+chain))
aln.append_model(mdl, atom_files=code, align_codes=code+chain)
for (weights, write_fit, whole) in (((1., 0., 0., 0., 1., 0.), False, True),
((1., 0.5, 1., 1., 1., 0.), False, True),
((1., 1., 1., 1., 1., 0.), True, False)):
aln.salign(rms_cutoff=3.5, normalize_pp_scores=False,
rr_file=$(LIB)/as1.sim.mat, overhang=30,
gap_penalties_1d=(-450, -50),
gap_penalties_3d=(0, 3), gap_gap_score=0, gap_residue_score=0,
dendrogram_file=fm00495.tree,
alignment_type=tree, # If progresive, the tree is not
# computed and all structues will be
# aligned sequentially to the first
feature_weights=weights, # For
文档评论（0）