《蛋白组学数据分析方法》.ppt

点击RUN Xinteract,即可作 PeptideProphet分析. PeptideProphet分析 运行PeptideProphet的结果可通过IE打开. PeptideProphet处理结束 经PeptideProphet处理后的结果可用浏览器打开.在IE里面输入:http://localhost/ISB/data/ZCNI_training/interact.pep.shtml可以看到结果为: 4.运行ProteinProphet 点击Analysis Pipeline,选择Analyze Peptides ProteinProphet界面 点击Add Files 选择经PeptideProphet后生成的 interact.xml文件 其他为默认,点击Run ProteinProphet! 其它参数为默认,点击Run ProteinProphet,即可运行ProteinProphet程序 运行ProteinProphet 运行ProteinProphet完成后生 成的interact-prot.shtml 文件可由IE打开. 经ProteinProphet分析得到的结果可由IE打开,在IE中输入 http://localhost/ISB/data/ZCNI_training/t.shtml 可以看到经ProteinProphet后的结果为: 7.数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件 在min probability 填上0.9,选择export To excel,然后点击 Filter/Sort/Discard Checked entries, 即可将结果过滤并生成 Excel文件. 过滤筛选后生成的excel文件 结果编号 蛋白索引号 蛋白可信度 唯一对应肽段数 对应肽段总数 过滤筛选后生成的excel文件 Thank You! 5.替换数据库 下载蛋白数据库存放到本文件夹 (所使用fasta数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI/current/下载得到) 用记事本打开 参考文献： / /GPM/gpm_install_faq.html 蛋白质组学数据统计分析软件Trans-Proteomics Pipeline (TPP) Trans-Proteomic Pipeline (TPP)是用于LC/MS/MS蛋白质组学数据分析的软件. TPP包含一系列蛋白质鉴定和定量分析的模块, 能够对经Sequest数据库搜索引擎得到的结果进行筛选过滤,从而达到蛋白质鉴定和测序的目的. 蛋白质组学数据统计分析软件 Trans-Proteomic Pipeline (sashimi) 蛋白质组学数据统计分析软件 蛋白质组学数据统计分析软件 sp|P02754|LACB_BOVIN BETA-LACTOGLOBULIN PRECURSOR (BETA-LG) (ALLERGEN BOS D 5) - Bos taurus (Bovine). MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTKIPAVFKIDALNENKLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQSLACQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI TPEVDDEALEK : p = 0.96 PTPEGDLEILLQK : p = 0.81 LSFNPTQLEEQCHI : p = 0.65 P = 1 – (1-0.81)(1-0.96)(1-0.65) = 0.99 蛋白质组学数据统计分析软件 TPP的安装与配置 从http：///TPP.php上下载并安装windows版本TPP软件。TPP_Setup_v4_2_JETSTREAM_rev_0.exe。安装过程中选择附带安装Apache(安装TPP4.2要求系统已安装ActivePerl-5.8.8.*以上版本，可从网站上下载)。安装完成后，将会生成TPP的图标 安装完后,桌面上生成了TPP和Cygwin的图标 使用TPP  点击桌面上的 TPP Web Tools ,将会出现TPP的登陆界面. TPP的登陆界面 UserName: guest Password: guest TPP Web Interface的欢迎界面 样本数据分析 准备工作: 确保C盘至少1G的空闲的硬盘空间. 将数据文件ZCNI_No1(含.dta和.out文件)至Z