太湖地区典型菜地土壤微生物16SrDNA的PCR-RFLP分析.PDF

生物多样性 2006, 14 (4): 345–351 doi: 10.1360/biodiv.060003 Biodiversity Science http: // 太湖地区典型菜地土壤微生物16S rDNA的 PCR-RFLP分析 1 1* 1, 2 1 2 2 1 滕齐辉 曹 慧 崔中利 王 英 孙 波 郝红涛 李顺鹏 1 (南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室, 南京 210095) 2 ( 中国科学院南京土壤研究所, 南京 210008) 摘要: 土壤微生物多样性是土壤生态功能的基础, 但长期以来缺乏对高强度土地利用条件下的土壤微生物多样性 的认识。作者采用间接法提取了江苏省太湖地区典型菜地土壤微生物的总DNA, 以细菌的通用引物27F和1492R扩 增16S rDNA片段, 将扩增产物与T-载体酶连, 转化大肠杆菌, 建立土壤微生物16S rDNA克隆文库。PCR扩增基因 文库中插入的16S rDNA外源片段, 用两种限制性内切酶Hha I和Rsa I 分别酶切, 获得该土壤173个克隆的酶切指 纹图谱。结果表明, Hha I和Rsa I联合酶切产生了63个基因分型, 文库的覆盖度达76.30%, 单一酶切产生的基因分 型少, 但文库的覆盖度高; 克隆文库中存在两种优势类群, 分别占总克隆的16%和12%。16S rDNA测序结果表明, 太湖地区菜地土壤细菌在分类方面主要属于α-和γ-变形杆菌亚门。以上结果为进一步研究太湖地区菜地土壤微生 物生态功能提供了基础资料。 关键词: 土壤细菌多样性, 间接提取法, 16S rDNA克隆文库, RFLP分析 PCR-RFLP analysis of bacterial 16S rDNA from a typical garden soil in Taihu region 1 1* 1,2 1 2 2 1 Qihui Teng , Hui Cao , Zhongli Cui , Ying Wang , Bo Sun , Hongtao Hao , Shunpeng Li 1 Key Laboratory of Microbiological Engineering of Agricultural Environment, MOA, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095 2 Institute of Soil Science, Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210008 Abstract: Soil microbial diversity provides basic function of a soil ecosystem. In this study, the total DNA of microorganisms was extracted by an indirect method from a typical garden soil o