分子互作网络的拓扑结构.PDF

分子互作网络的拓扑结构 2016-5-10 小组成员及分工 • 文献翻译：石重庆、车玉隆、刘捷 • PPT制作：石重庆、车玉隆、刘捷 • PPT演讲：石重庆 Abstract 分子间的相互作用通常用网络模型表示， 这种网络模型已经成为许多生物学领域的 共同语言。初步研究表明,分子互作网络的 拓扑结构与生物功能和演化有关。 Background • 在过去的半个世纪里，我们在分子水平上 对生命的理解有了巨大的进展。许多技术 也在不断被改进，如微阵列（转录组学）， 质谱技术（蛋白质组学、代谢组学）和下 一代测序技术（基因组学）。从系统生物 学的角度上来看，类似的技术已被用来测 量分子之间的相互作用，形成了所谓的相 互作用组学。 这些分子相互作用的数据是分析、解释和 预测生物现象的基础。分子的相互作用可 以构成网络，并通过图来表示，之后就产 生了网络生物学。 • 本文定义网络生物学为，研究用图来表示 分子互作网络的拓扑结构，并且用这样的 网络图来做生物的预测。 如下图便是一个有向图的例子 分子互作网络 分子生物学是研究所有涉及脱氧核糖核酸、 核酸、蛋白质和代谢物的细胞过程的学科。 从下图我们可以看见一些分子间的相互作 用。 • 生物学上分子互作网络的初步研究，配合 在其他真正网络上的拓扑结构的观察。我 们发现基因共表达网络，蛋白质互作网络、 代谢网络和转录调控网络都含有无标度网 络的性质。无标度网络具有严重的异质性， 其各节点之间的连接状况（度数）具有严 重的不均匀分布性。虽然各种随机网络模 型都再现了一些分子网络的显著特性，但 都被批评与分子网络其他重要的特性不一 致。 描述性方法的限制 • 随着数据质量的提高，以及研究人员对旧 发现的重新审视与解释，多层次视图的细 节越来越有争议。 • 在模块水平上，我们发现的模块不像先前 假设的那样，不能描述清楚。模块之间的 连接似乎有很多，很难区分连接节点。 • 虽然分子网络中的通用模型比之前以为的 要少，但是原来的多层次模型仍然是有用 的，只不过需要一些修改。 显著性特征检测 • 显著性特征检测就是提取图像中重要的的 区域。根据显著性区域的应用不同，产生 了很多不同的显著性区域定义。 • 显着特征检测的优点在于它的简单性。但 这也是它的主要缺点。当选择一个错误的 随机网络模型时，会使得原本不重要的功 能显得重要。 聚类 • 在复杂的系统中，模块往往在内部高度连 通，而与外部世界职工想几个连接。图聚 类是一种通过把网络分成许多子网从而发 现内部高度连接的模块的方法。大数据时 代加快了聚类的进步，可以更有效地处理 大数据集。 • 聚类是一个很有用的技术，可以用来了解 一个分子网络的模块化结构。但需要注意 的是，集群可能无法反应实际的生物模块。 不准确的聚类可能是有不好的聚类标准所 引起的。产生重叠集群的算法可能会导致 给一个节点分配太多或太少的集群，目前 仍然缺乏处理这类问题的技术。 中心节点和枢纽 • 网络生物学的早期研究发现表明，有些节 点在分子互作网络更加重要。这种表现说 明了一个物种的生存相比于其他方面更多 地取决于一些重要的节点的存在。 • 比如说，P35基因是一个枢纽型基因，我们 发现破坏人类的P35基因会导致癌症。 • 此外，代谢网络和转录调节网络都进一步 支持了中心节点十分重要这一观点。 • 一些研究人员试图通过考虑中心节点的交 互模式完善中心节点的概念：那些同时与 许多互作对互相作用的被称为party hubs， 而那些与它们的对象依次相互作用的被称 为date hubs 。Party hubs被认为是全局协调 员，连接网络模块的组件，而date hubs被 认为是局部协调员，连接网络模块。但是， 这种区别已经面临着得到的新的数据的挑 战，新的数据并没有显示出中央节点之间 的明显区别。 总体同源性 • 同源性原理是