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计算机在微生物试验中的应用-山东大学课程中心30
计算机科学与生命科学(4) 计算机与微生物学 2017年秋季学期通选课程 上课时间:周二 19:00点 上课地点:软件园4区201d 主讲人:魏天迪 人类利用微生物造酒的历史 公元前3000年左右的古埃及,已经有作为饮品的麦酒(类啤酒)和葡萄酒了。法老、贵族、祭司等人饮葡萄酒,一般平民消费价格低廉的麦酒。考古挖掘证明,在古王国时代的墓葬中,不论是法老、贵族、平民都将酒作为随葬品。可见此时酒已经是古埃及人生活的重要饮品了。 公元前1600年古埃及的酒杯 公元前2000年中国的酒杯 公元前2000多年,我国的龙山文化时期也出现了黑陶酒杯。1928年,考古学家吴金鼎在当时的山东省历城县龙山镇(今属山东省章丘市)发现了举世闻名的城子崖遗址。发掘出了与石器、骨器共存的薄胎而带黑色光泽的陶片。此后,考古学家们先后对城子崖遗址进行多次发掘,取得了一批以精美的磨光黑陶为显著特征的文化遗存。 人类利用微生物造酒的历史 “猿猴嗜酒” 唐朝《国史补》一书,对人类如何捕捉聪明伶俐的猿猴,有一段极精采之记载。猿猴是十分机敏的动物,它们居于深山野林中,出没无常,很难活捉到它们。经过细致的观察,人们发现并掌握了猿猴的一个致命弱点,那就是“嗜酒”。于是,人们在猿猴出没的地方,摆几缸香甜浓郁的美酒。猿猴闻香而至,小心翼翼地用指蘸酒吮尝,发现没什么可疑之处,终于经受不住香甜美酒的诱惑,开怀畅饮起来,直到酩酊大醉,乖乖地被人捉住。这种捕捉猿猴的方法在东南亚一带和非洲也都采用。 “猿猴造酒” 猿猴不仅嗜酒,而且还会“造酒”,这在我国的许多典籍中都有记载。比如,明代文人李日华在他的著述中记载:“黄山多猿猱,春夏采杂花果于石洼中,酝酿成酒,香气溢发,闻娄百步。野樵深入者或得偷饮之,不可多,多即减酒痕,觉之,众猱伺得人,必嬲死之。”可见,这种猿酒是偷饮不得的。 甲骨文里的“酒”字: 山东造酒的历史 齐鲁三大古镇其中两个都是以美酒著称: 1. 兰陵镇(临沂) “先有兰陵酒,后有酒文明” 唐朝诗人李白为兰陵美酒留下了一首《客中行》绝句,“兰陵美酒郁金香,玉碗盛来琥珀光。但使主人能醉客,不知何处是他乡。”李时珍在《本草纲目》中说:“兰陵美酒,清香远达,色复金黄,饮之至醉,不头痛,不口干,不作泻。皆水土之美也,常饮入药俱良。” 2. 景芝镇(潍坊) 臧克家先生曾写诗“儿时景芝酒名扬,长辈贪杯我闻香,佳酿声高人已老,沾唇不禁念故乡。” 3. 颜神镇(淄博) 慕尼黑啤酒 慕尼黑啤酒 慕尼黑啤酒 慕尼黑啤酒 慕尼黑啤酒 慕尼黑啤酒 慕尼黑啤酒 丘吉尔、弗莱明与青霉素 计算机在微生物学中的应用 计算机在微生物分类学中的应用 计算机在微生物实验中的应用 计算机在微生物工业中的应用 计算机在微生物分类学中的应用 微生物命名法则(完整的学名): 属名(拉丁文) + 种名(拉丁文) + (首次定名人的姓) + 现定名人的姓 + 定名年份 大肠杆菌(俗名) Escherichia coli (Migula) Castellnani et Chalmers 1919 金黄色葡萄球菌(俗名) Staphylococcus aureus Rosenbach 1884 中国微生物菌种保藏管理委员会(CCCCM)下属的微生物菌种数据库: 中国普通微生物菌种保藏中心CGMCC (归口中国科学院) 中国农业微生物菌种保藏中心ACCC (归口中国农业科学院) 中国工业微生物菌种保藏中心CICC (归口轻工业总会) 中国医学微生物菌种保藏中心CMCC (归口卫生部) 中国抗生素微生物菌种保藏中心CACC (国家医药管理局) 中国兽医微生物菌种保藏中心CVCC (归口农业部) 中国林业微生物菌种保藏中心CFCC (归口中国林业科学院) 总入口:/xxfw/wmcdjsdwz/ 计算机在微生物学中的应用 计算机在微生物分类学中的应用 微生物的聚类: 1. 数据收集。收集一定数量的微生物种类;归纳出50-100个二项特征(0或1);统计每个微生物在每个特征上的数值。 2. 计算相似度。对任意一对不同的微生物,计算其相似度: Ssm = (相同特征的和 / 特征总数)×100% 3. 根据相似度构建相似性矩阵和相似性阴影矩阵 计算机在微生物分类学中的应用 微生物的聚类: 4. 聚类分析。单链锁法是较常用的聚类分析之一。这一方法是根据矩阵得出的相似系数由最高值开始逐一进行链锁。 计算机在微生物实验中的应用 微生物培养与菌落计数 计算机在微生物实验中的应用 微生物培养与菌落计数 计算机在微生物实验中的应用 微生物培养与菌落计数 定义兴趣区域:原始图片上菌落的色彩可能与某处非菌落的色彩相近,在图像识别是产生混淆,因此要指出菌落实际分布的区域; 定义菌种样本区域:选择典型的菌落; 定义背景样本区域:选择典型的背景域
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