合成生物学的适配性研究及其在微生物天然产物药物中的应用.PDF

合成生物学的适配性研究及其在微生物天然产物药物中的应用 1,2 1 1 1* 贾晓鹏 ，高弘 ，卓英 ，张立新 1 ( 中国科学院微生物研究所 中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室 北京 100101; 2 中国科学院大学 北京 100049) *通讯作者 摘要： 合成生物学是 21 世纪新兴的交叉学科，仅仅 10 年的发展就取得举世瞩目 的成就，然而由于适配性研究不够深入，合成生物学的研究还处于理论探索为 主，应用为辅的起步阶段，适配性研究的不系统影响了合成生物学的学科发展 和产业化应用，如何系统的研究合成生物学的适配性问题是本文主要介绍的内 容。 关键词：合成生物学、适配性、元件、模块、底盘、标准化 前言： 本世纪初人类基因组计划完成，后基因组时代的多种组学技术逐渐被广泛 应用于生命科学领域。03 年采用工程学思想设计人造生物系统的现代合成生物 学被提出后，短短十年间的发展，合成生物学取得了大量举世瞩目的成果，让 生物学家看到了未来生命科学发展的方向[1]。合成生物学将工程学思想引入到 生物学研究中，以“合成”指导研究，以系统“构建”指导技术发展，利用工程化 的生物系统或生物模型来处理信息、操纵生物体合成新化合物以解决人类社会 中的重大问题，是一门涉及生物、化学、物理、工程、计算机与信息化技术等 多领域的综合交叉学科。 合成生物学作为一个系统的工程研究，从研究内容上分为三个层次：元 件、模块、底盘。生物元件是合成生物学最小的研究单位，保证生物元件在不 同的环境中都能正常发挥其生物学功能是合成生物学研究最重要的基石，生物 元件主要分为两类:起调控作用的调控元件和表达特定酶的功能元件。对于元件 的研究主要包括元件的设计、构建、功能测试以及标准化。模块是由生物元件 为了获得某种功能组合而成的，生物元件的组装、模块功能检测和标准化是模 块研究的主体内容。底盘是承载一或多个模块发挥功能的细胞系统。底盘研究 的工作主要是最小基因组的构建、代谢流分析、底盘与功能模块的相互作用研 究。 得到成功的人造微生物体系，只在元件、模块、底盘上分别研究还不够。 由于人类对于自然认识的局限性，以及计算机辅助设计存在的不完善，人造微 生物体系有时无法发挥预期的功能。测试和原因分析，并进行重设计也是合成 生物学的重要部分。通过设计-检测-再设计-再检测的多次循环才能获得最终的 理想结果，其中需要解决的最关键问题就是适配性问题。 1 合成生物学的十年成果与不足 通过十年的发展，在合成生物学思想指导下，很多成功的例子证明了合成 生物学的发展潜力以及对于人类的生活能够带来的巨大变化。在来源稀缺的药 物方面，JD keasling 等人通过在 E.coli 中构建合成青蒿酸的途径，他们分别使 用大肠杆菌和酵母菌为宿主，通过 DNA 的合成、来自细菌、酵母及植物（青 蒿）等多种酶及代谢途径的组装、精密调控等，对有关代谢途径作了重新设 计，解决了天然或非天然代谢物大量积累对寄主的毒性问题，改造后的菌株合 6 成中间产物 amorphadiene 的产量提高了 10 倍，青蒿酸的合成能力 4 年内提高 到 2.5 g/L ，成为了合成生物学的经典之作，大大推动了人类抗疟疾事业的发展 [2] 。Stephanopoulos, G. 等关于大肠杆菌中生产紫杉醇的适配性研究借鉴了 Keasling 教授的成功经验，也是将从三磷酸甘油等底物到合成紫杉醇的第一个 中间产物 Taxadiene 的代谢途径分成了合成 IPP （isopentenylpyrophosphate ）和 从IPP 到Taxadiene 两个模块，然后利用多变量研究的方法协调两个模块之间表 达水平，限制有毒代谢产物吲哚的积累，最终将大肠杆菌中 Taxadiene 的产量 提高了约 15000 倍，达到约 1g/L 的水平[3] 。在生物发