葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析-南方农业学报.PDFVIP

南方农业学报 JournalofSouthernAgriculture 2017，48（8）：1329-1334 ·1329· 8期 ISSN2095-1191；CODENNNXAAB DO ：10.3969/j.issn.2095-1191.2017.08.01 葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析 1 1 1 1 1，2* 方 辉 ，曲俊杰，孙嘉曼 ，尹 玲 ，潘凤英 1 2 （广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室，南宁 530007 ； 广西农业科学院，南宁 530007） 摘要：【目的】明确葡萄miR 169（vvi-miR 169）基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用，为其在葡 萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA 、Phytozome 、NCBI等数据库及ClustalX 2.1、MEGA 6.0、RNAfold WebServer 、psRNATarget等在线软件对vvi-miR 169基因家族的序列分布、定位特征、二级结 构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase 中搜索到25条vvi-miR 169基因同源序列， 分别分布在6条染色体上，其中以位于Chr11上的序列最多，共有17条，位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条，而在 Chr08和Chr17上各有1条。vvi-miR 169基因家族成熟序列的碱基保守性很高，其前体序列均可形成稳定的二级茎环 结构，且位于同一条染色体上的miR 169基因序列显示出相对更近的亲缘关系。vvi-miR 169基因家族共预测到21个 靶基因，绝大部分miRNA都有多个靶基因，且不同miRNA具有相同的靶基因，其中有22个miRNA靶基因均含有 GSVIVT01015120001 （NF-YA转录因子）。【结论】vvi-miR 169基因家族序列保守性较高，家族特征明显，且具有相似 的调控功能；NF-YA转录因子是vvi-miR 169基因家族最主要的靶基因，也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要 调控元件。 关键词：葡萄；miR 169基因；靶基因；NF-YA转录因子；生物信息学 中图分类号：S663.1 文献标志码：A 文章编号：2095-1191（2017 ）08-1329-06 BioinformaticsanalysisformiR169anditstarget geneinVitisvinifera 1 1 1 1 1，2* FANG Hui ，QU Jun-jie ，SUN Jia-man ，YIN Lin ，PAN Feng-ying 1 （Guangxi Crop Genetic Improvement and Biotechnology Key Lab ，Nanning