SNP分型方法选择指南.PDFVIP

SNP 分型方法选择指南 基于过硬的普通引物和荧光标记引物的合成、多重 PCR 扩增和测序技术， 上海捷瑞生物推出 SNP 分型服务。分型的方法包括：直接测序法、连接酶检测 反应(LDR)分型方法、多重 SNaPshot SNP 分型方法、Taqman 探针法、 MassArray 分型方法以及 PCR-RFLP 分型法等，为广大科研工作者提供多样化 的SNP 分型平台！那么问题来了，我们该如何选择适合自己实验的检测平台呢？ 下面我们首先了解下每个分型方法的技术特点和它们之间的比较，然后选择适合 自己实验的SNP 分型方法。 一、 直接测序法 顾名思义，该方法就是将所要检测的 SNP 位点扩增出来然后进行毛细管电 泳直接测序。由于其高度的准确性，直接测序法被称为 SNP 检测的金标准。而 且它不仅仅能检测已知位点，还能用于发现未知的SNP 位点。 二、 连接酶检测反应(LDR)分型方法 该方法主要是运用Taq DNA 连接酶的连接作用，当左右两条寡核苷酸探针 与目的 DNA 序列完全互补，并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应， 否则连接反应不能进行，最后通过毛细管电泳，扫描片段长度，实现对SNP 位 点的检测。 三、 多重SNaPshot SNP 分型方法 该方法被称为小测序，即单碱基延伸终止法。在一个含有测序酶，四种荧光 标记的ddNTPs ，紧挨多态位点5’或3’端的不同长度延伸引物和PCR 产物模 板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，最后通过 ABI3730 毛细管电泳读 取荧光信号，根据峰的颜色即可知道掺入的碱基种类，从而确定该位点基因型。 同时利用多重PCR 技术，对多个已知位点进行检测。 四、 Taqman 探针法 借助荧光定量PCR 检测手段，在PCR 反应系统中加入2 种不同荧光标记的 探针，它们可分别与2 个等位基因完全配对。正常情况下，由于探针5 ′端荧光 基团和3 ′端淬灭基团紧邻在一起，荧光被淬灭。随着PCR 的有效进行，与模 板完全配对的探针逐步被Taq DNA 聚合酶5 ′→3 ′外切酶活性切割，致使探 针5 ′端上的荧光基团与3 ′端的淬灭基团分离，淬灭效应解除，报告荧光基团 被激活；而与模板不能完全配对的探针（代表另一种等位基因）不能被有效切割， 故检测不到荧光信号，通过相应仪器检测荧光值的变化即可实现SNP 位点检测。 五、MassArray 分型方法 Sequenom MassArray 系统主要是利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质 谱 (MALDI-TOF MS) 进行分析，即 PCR 扩增产物或者预处理样本在延伸单碱 基后，将制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入质谱仪的真空管， 而后用瞬时纳秒 (10-9s) 强激光激发，由于基质分子经辐射吸收能量，导致能 量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态 离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动 能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率得以分离，在真空小管中飞行到达 检测器。 六、PCR-RFLP 分型法 利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，用两种或两种以上的限制性内切酶 作用于同一DNA 片断，如果存在SNP 位点，酶切片断的长度和数量则会出现差 异，根据电泳的结果就可以判断是否 SNP 位点。该方法主要受限于内切酶的选 择和实验准确性，在电泳结果的判读中容易产生假阳性。 七、 SNP 分型方法的比较 分型方法 技术特点 适宜样本范围 Generay 检测通量 1. Sanger 法直接测序 适合小样本，位点数 直接测序法 2. 操作简单、准确性最高 1,000 次/天 量大的分型检测