基于线粒体CI的DNA条形码在对虾科种类鉴定中的研究.docVIP

基于线粒体COI的DNA条形码在对虾科种类鉴定中的研究 摘要：对虾科(Penaeidae)包含有26个属，约有200多种对虾，由于同属内的对虾在形态上非常相似，只呈现细微的差别，因此使得只基于形态学对对虾科物种的鉴别非常困难。为确定DNA条形码技术在对虾科物种鉴别的可行性，在本研究中，我们采用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（COI）基因研究了32种对虾的核苷酸组成、对虾种间及种内遗传距离，用邻接法( Neighbor-joining) 构建32种对虾 COI基因序列系统发生树。结果表明，对虾COI基因组成偏倚明显，A+T含量（61.5%）显著高于G+C（38.5%）。基于 Kimura 双参数模型计算, 32个物种的种内平均遗传距离为 0.003, 种间平均遗传距离(0.468)是种内遗传距离的 156倍，符 合 H e b e r t提 出 的 种 间 遗 传 距 离大于或等于10倍种内遗传距离的标准。在系统进化树中，32种对虾中有30种对虾都以都以较高的置信度聚合成独立的分支。可见，线粒体COI基因作为对虾科DNA条形码在物种的鉴别上具有很好的应用性，可以作为形态学分类系统的必要补充和佐证。 关键词：DNA条形码；COI基因；对虾鉴别 中图分类号：Q 785；S 917.4 文献标识码：A DNA条形码技术是一种利用一小段DNA序列来识别物种和发现新物种的有效工具[1][2][3]。但是，随着这项技术的使用，DNA条形码技术也引起了较多的争议并且它本身的一些缺陷也逐渐被发现[4][5]。尽管如此，DNA条形码技术仍有效地应用于鉴别和发现物种[6]、探究物种多样性[7]、鉴别亲缘关系近的物种[1]以及发现隐种[8]。 对虾隶属于节肢动物门（Arthropoda)、甲壳纲（Crustacea）、十足目（Decapoda）、游泳亚目（Natantia）、对虾科(Penaeidae)。 在 1993 年出版的《现生甲壳动物亚门最新分类系统》 中被分为 26 个属，共约 200 多种 [9][10]。它们在世界上广泛分布于热带与亚热 资助项目：国家虾产业技术体系项目（CARS-47）；福建省科技厅重大专项专题项目(NO:2016NZ0001-4)；福建省海洋高新产业发展专项项目(闽海洋高新[2014]12号）；厦门海洋经济创新发展示范项目：16CZY009SF05。 通信作者：苏勇全,E-mail :yqsu@ 带的近岸浅水海域[11]。由于对虾种类繁多并且一些同属的对虾在形态学上非常相似，这使得通过对虾形态上的细微差别来鉴别对虾非常困难。然而，目前人们主要致力于对对虾科分子系统发育的研究，只有少量的研究致力于采用DNA条形码技术鉴别对虾种类[12]。 本研究中，我们基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（COI）基因研究了DNA条形码技术在鉴别对虾科32种对虾的可行性。基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基（COI）基因的DNA条形码技术已经成功地应用于甲壳类动物的鉴别[13]。我们的目的是探究DNA条形码技术在对虾鉴别上应用的潜力，为以后DNA条形码在对虾科种类的鉴别打下坚实的基础。 1 材料和方法 1.1 实验材料 对虾科32种对虾被用于本次分子研究，其中14种实验所用的对虾购买于广西北海和福建漳州当地海鲜市场， 所有活体标本浸泡于80%~100%酒精中，于-20℃冰箱保存备用。另外18种对虾的COI基因从Genbank中下载得到，对虾详细信息请见表1。 选取中国管鞭虾（Solenocera crassicornis）为外群。每个试验个体都根据1997年的《枝鳃虾类科属-世界对虾总科和樱虾总科虾类》专著鉴定到种[10]。 表1 标本的详细信息 Table1 Detailed information of sampled specimens 种类/组别 Species/Group 采集地 locations 样品数 numbers of samples 周氏新对虾(Metapenaeus joyneri)/Gp1 广西北海(GX.BH) 5 刀额新对虾(Metapenaeus ensis)/Gp2 福建漳州(FJ.ZZ) 5 戴氏赤虾(Metapenaeopsis dalei)/Gp3 广西北海(GX.BH) 5 须赤虾(Metapenaeopsis barbata)/Gp4 福建漳州(FJ.ZZ) 5 高脊赤虾(Metapenaeopsis lamellata)/Gp5 福建漳州(FJ.ZZ) 5 角突