综合序列分析件BioEdit.pptVIP

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2018-10-17 发布于江苏
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综合序列分析件BioEdit.ppt

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综合序列分析件BioEdit

BioEdit简介 BioEdit是一个性能优良的免费的生物序列编辑器，可在Windows 95/98/NT/2000中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口，与DNAMAN等软件配合使用更好。尤其值得一提是利用BioEdit能够十分方面地根据指定的核酸序列绘制相应的质粒图谱。序列的常规操作：序列输入：多种序列输入方式；序列分类：按标题、位置、定义、参数、注释等分类；成对排列：两序列的最佳排列及计算同一性和类似性；序列屏蔽：仅采用联配中部分区域进行分析而排除其他。核酸分析：组成、互补、反转、翻译、质粒、限制性内切酶；蛋白质分析：氨基酸成分、疏水性轮廓、疏水力矩平均数翻译或反翻译：把DNA或RNA翻译成蛋白质；切换翻译：在核酸和编码蛋白质序列中切换核苷酸序列；点图[成对比较]：相互比较两序列的矩阵，生成一个点图。主要内容绘制质粒图限制性内切酶图蛋白质分析组成分析熵图疏水性轮廓联配中搜寻保守区根据密码子的使用翻译核苷酸 RNA比较分析共变潜在配对互交信息分析一、绘制质粒图（Plasmind drawing） 4.General Vector properties 　　载体属性可通过选 “Vector” 菜单中的“Properties ”来更改：二、Restriction Maps(限制性内切酶图) 1.氨基酸的组成 2.熵图 3.疏水性轮廓(profile) 5.平均瞬间疏水性轮廓 6.在联配中搜寻保守区 Segment Length: 20 Average entropy (Hx): 0.0155 Position 755 : 0.0000 Position 756 : 0.0000 Position 757 : 0.0000 Position 758 : 0.0708 Position 759 : 0.0000 Position 760 : 0.0000 Position 761 : 0.0000 Position 762 : 0.0000 Position 763 : 0.0000 Position 764 : 0.0708 Position 765 : 0.0000 Position 766 : 0.1679 Position 767 : 0.0000 Position 768 : 0.0000 Position 769 : 0.0000 Position 770 : 0.0000 Position 771 : 0.0000 Position 772 : 0.0000 Position 773 : 0.0000 Position 774 : 0.0000 Region 2: Position 1206 to 1222 Consensus: 1206 ACACGCGGGCUACAAUG 1222 ? Segment Length: 17 Average entropy (Hx): 0.0182 Position 1206 : 0.0000 Position 1207 : 0.0000 Position 1208 : 0.0000 Position 1209 : 0.0000 Position 1210 : 0.0708 Position 1211 : 0.0708 Position 1212 : 0.0000 Position 1213 : 0.1679 Position 1214 : 0.0000 Position 1215 : 0.0000 Position 1216 : 0.0000 Position 1217 : 0.0000 Position 1218 : 0.0000 Position 1219 : 0.0000 Position 1220 : 0.0000 Position 1221 : 0.0000 Position 1222 : 0.0000 BioEdit version 5.0.9 Conserved region search Alignment file: G:\Ribosomal_RNA\some_methanos.bio 5/10/99 9:34:06 PM ? Minimum segment length (actual for each seque