计算机化学与分子设计(精品·公开课件).ppt

二十世纪八十年代以来，先进的分析仪器的应用、量子化学计算方法的进展和计算机技术的飞速发展，对化学科学的发展产生了冲击性的影响。其研究内容、方法、乃至学科的结构和性质都在发生深刻的变化。 长期以来，化学一直被科学界公认为一门纯实验科学。其理由要追溯到人类认识自然的两种科学方法。 ⑴ 归纳法 ( F. Bacon, 1561-1626 ) 归纳法(Reduction)与演绎法(Deduction)的比较 运用数学的多少是一门科学成熟程度的标志。 数学的应用：在刚体力学中是绝对的，在气体力学中是近似的，在液体力学中就已经比较困难了；在物理学中是试验性的和相对的；在化学中是最简单的一次方程式；在生物学中等于零。 无机、有机化学在19世纪率先建立 冶金、建材工业推动了无机 药物、染料、酿酒工业推动了有机 物理化学的建立使化学科学开始拥有了理论。高等数学首次派上了用场 — 虽然仅是一阶的常、偏微分方程而已（以后在经典统计热力学中用到了概率论） 经典物理化学的理论是唯象的，是有限的地球空间内宏观化学反应规律的经验总结 30年代量子化学和量子统计力学分支的形成使化学科学开始与演绎法“沾上了边”。但在80年代前进展十分缓慢 上世纪初理论物理两项重大突破 量子力学是演绎法最成功的实例 基本运动方程 — Schr?dinger方程 量子力学的建立和发展促进了： ? 现代化学键理论奠基（1930） Pauling是杰出代表 Slater、Mulliken、Hund、Heitler-London分别作出贡献 ? 量子力学引入化学，促进量子化学、量子统计力学形成 Einstein-Bose、Fermi-Dirac两种统计理论 Hückel分子轨道理论（1932） Roothaan方程（1952） 计算量子化学发展 一门新的交叉学科?计算机化学?已形成。它将帮助化学家在原子、分子水平上阐明化学问题的本质，在创造特殊性能的新材料、新物质方面发挥重大的作用。 计算机化学是化学与多个学科的交叉 计算机化学的主要内容 化学数据库（Data base） 分子结构库 晶体库 热力学数据库 药物库 高分子库 分子光谱、波谱图谱库 生物数据库（蛋白质、核酸、多糖库） 化学文献库 化学人工智能（需借助数据库） 计算机辅助分子结构解释 化学模式识别 结构－活性关系分析 结构－性质关系分析 神经网络算法与神经网络计算机 分子结构建模与图形显示 结构建模 ? 确定各原子的初始空间排布 ? 这是用计算机处理分子大多数作业的起点 ? 综合的计算机化学软件包，主程序应提供 建模的友好界面，同时具有分子图形显示 与结构参数分析功能 ? 可采用二维或三维建模。程序可自动将二 维图形转换为三维 用计算机模拟化学体系的微观结构和运动，并用数值运算、统计求和方法对系统的平衡热力学、动力学、非平衡输运等性质进行理论预测 分子模拟是化学CAD的重要部分 为何进行分子计算机模拟? 宏观化学现象是~1024个分子（原子）的集体行为，固有统计属性 化学统计力学的局限性：通常仅适用于 “理想体系” ? 理想气体、完美晶体、稀溶液等 量子力学方法的局限性：对象为平衡态、单分子或几个分子组成的体系；不适用于动力学过程和有温度压力变化的体系 分子模拟将原子、分子按经典粒子处理，可提供微观结构、运动过程以及它们与宏观性质相关的数据和直观图象 分子模拟结果取决于所采用的粒子间作用势的合理、精确程度。又称为“计算机实验”，是理论与真实实验之间的桥梁 一、原理 忽略分子振、转、平动运动。原子视为经典粒子，原子间作用力用经验势函数表示 体系的平衡几何结构由能量最低原理确定 二、作用在粒子上的瞬时合力 原子 i 在其它原子的作用势场 Ei (ri) 中运动 三、有效作用势近似 粒子的势能 Ei 及梯度 ?Ei 借助经验势函数计算 经验作用势 ? 二体及三体以上作用势的叠加 一、MD法原理 将微观粒子视为经典粒子，服从 Newton 第二定律 二、粒子 i 在时间 ?t 内的位移 ?ri 三、MD法基本假定 二维周期性边界条件示意图 8 个近邻重复单元包围着中心原胞，为其提供合理的边界条件近似 三维周期边界实例—苏氨酸水溶液模拟 1?1?1nm 的立方原胞含 1 个苏氨酸 ( threonine ) 分子和 24 个水分子 四、 MD处理用于单个分子 (无周期边界) MM和MD的比较 MM法 — 每步原子初速均为零，粒子位移趋于无限小 一、物质和大分子的结构和性质 根据体系的化学成分推断微观结构计算 MD + MM 计算机辅助结构分析与静态性质计算 复杂有机分子 高分子 晶体 液晶态 非晶态 溶液 熔盐 界面和表