mega操作过程多序列比对、进化树、.ppt

基础生物信息学及应用 王兴平 内容： 多序列比对 多序列比对程序及应用 第一节、多序列比对（Multiple sequence alignment） 概念 多序列比对的意义 多序列比对的打分函数 多序列比对的方法 1、概念 多序列比对（Multiple sequence alignment） align multiple related sequences to achieve optimal matching of the sequences. 为了便于描述，对多序列比对过程可以给出下面的定义：把多序列比对看作一张二维表，表中每一行代表一个序列，每一列代表一个残基的位置。将序列依照下列规则填入表中： （a）一个序列所有残基的相对位置保持不变； （b）将不同序列间相同或相似的残基放入同一列，即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐（下表）。 2、多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。 序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。 其他应用，如构建profile，打分矩阵等 3、多序列比对的方法 手工比对 在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序（辅助编辑软件如bioedit，seaview，Genedoc等）基础上，结合实验结果或文献资料，对多序列比对结果进行手工修饰，应该说是非常必要的。 为了便于进行交互式手工比对，通常使用不同颜色表示具有不同特性的残基，以帮助判别序列之间的相似性。 计算机程序自动比对 通过特定的算法（如穷举法，启发式算法等），由计算机程序自动搜索最佳的多序列比对状态。 穷举法 穷举法（exhaustive alignment method） 将序列两两比对时的二维动态规划矩阵扩展到多维矩阵。即用矩阵的维数来反映比对的序列数目。这种方法的计算量很大，对于计算机系统的资源要求比较高，一般只有在进行少数的较短的序列的比对的时候才会用到这个方法 DCA (Divide-and-Conquer Alignment）：a web-based program that is semiexhaustive http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/dca/ 启发式算法 启发式算法（heuristic algorithms）： 大多数实用的多序列比对程序采用启发式算法（heuristic algorithms），以降低运算复杂度。 随着序列数量的增加，算法复杂性也不断增加。用O（m1m2m3…mn）表示对n个序列进行比对时的算法复杂性，其中mn是最后一条序列的长度。若序列长度相差不大，则可简化成O（mn），其中n表示序列的数目，m表示序列的长度。显然，随着序列数量的增加，序列比对的算法复杂性按指数规律增长。 第二节 多序列比对程序及应用 Progressive Alignment Method Iterative Alignment Block-Based Alignment DNASTAR DNAMAN 1、Progressive Alignment Method Clustal: Clustal，是由Feng和Doolittle于1987年提出的。 Clustal程序有许多版本 ClustalW（Thompson等，1994）是目前使用最广泛的多序列比对程序 它的PC版本是ClustalX 作为程序的一部分，Clustal 可以输出用于构建进化树的数据。 ClustalW 程序：ClustalW 程序可以自由使用 在NCBI/EBI的FTP服务器上可以找到下载的软件包。ClustalW 程序用选项单逐步指导用户进行操作，用户可根据需要选择打分矩阵、设置空位罚分等。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/ EBI的主页还提供了基于Web的ClustalW服务，用户可以把序列和各种要求通过表单提交到服务器上，服务器把计算的结果用Email返回用户（或在线交互使用）。 http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ Progressive Alignment Method ClustalW 程序 ClustalW对输入序列的格式比较灵活，可以是FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和GDE等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 用ClustalW得到的多序列比对结果中，所有序列排列