玉米高通量测序数据SNP检测流程的优化与应用.pdf

玉米高通量测序数据SNP检测流程的优化及应用 2．2结果…………………………………………………………………………………………………21 2．2．1模拟的玉米高通量测序数据………………………………………．21 2．2．2 SNP检测结果…………………………………………………………22 2．2．3不同SNP检测流程的比较…………………………………………28 2．2．4玉米最佳测序方案的优化…………………………………………．28 2．2．5假阳性和未检出SNP位点的全基因组注释………………………28 2．2．6基于HPC高性能服务器的SNP检测流程的构建及优化………．．30 2．3讨论……………………………………………………………………………………一…………．32 2．3．1覆盖度及读长对SNP检测的影响…………………………………32 2．3．2 SNP检测流程的比较分析…………………………………………。32 2．3．3假阳性及未检出SNP位点分析……………………………………32 2．3．4构建的SNP检测流程的优势与局限性……………………………．33 第三章玉米SNP检测流程的应用………………………………………………。35 3．1材料与方法…………………………………………………………………35 3．1．1材料与原始数据处理………………………………………………．．35 3．1．2程序检测SNP及SNP统计…………………………………………35 3．1．3玉米H99DNA提取、PCR扩增与电泳…………………………．．36 3．1．4 SNP位点测序验证…………………………………………………．．36 3．1．5 SNP位点的全基因组注释…………………………………………一36 3．2结果…………………………………………………………………………………………………37 3．2．1 H99测序数据………………………………………………………．．37 3．2．2 SNP检测结果………………………………………………………．．37 3．2．4 SNP位点的全基因组注释…………………………………………．．40 3．3讨{仑…………………………………………………………………………………………………4l 第四章结论…………………………………………………………………………43 参考文献……………………………………………………………………………。45 附勇乏……………………………………………………………………………………………………………。5l 1 附件l自动化清理程序trim．pl代码…………………………………………．5 附件2高通量SNP变异检测程序V1．0部分代码…………………………。53 附件3附录图S1………………………………………………………………54 攻读学位期间取得的研究成果……………………………………………………．59 骛[谢……………………………………………………………………………………………………………．．61 万方数据 摘要 玉米高通量测序数据SNP检测流程的 优化及应用 Nucleotide 单核苷酸多态性(Single 具有分布丰富、稳定遗传、快速检测等特点，在分子标记辅助选择、种子纯度鉴定、 WideAssociation 目标基因定位、遗