纤维素酶类糖苷水解酶及其降解机理探析.ppt

纤维素酶类糖苷水解酶及其降解机理 纤维素酶类糖苷水解酶及其降解机理 4.1 导言 纤维素类生物质是自然界中最丰富的。与淀粉在结构上的差别仅在于糖苷键连接方式不同。 多与半纤维素、木素相互结合在一起。 纤维素酶系统 非复合：真菌、放线菌 一般由菌丝分泌到胞外分别发挥作用。 复合： 厌氧菌（热纤梭菌） 在其细胞壁上产生隆起的细胞结构，为纤维小体。 导言 自从 1906年在蜗牛消化液中首次发现纤维素酶后，人类对其研究经历了百年历史： 1950--木酶的发现，C1-Cx假说。 1980 年至 1988 年--利用基因工程的方法对纤维素酶的基因进行克隆和一级结构的测定。 90年代--厌氧细菌纤维小体超分子复合体结构功能研究，多结构与体系的发现。 21世纪--基因及氨基酸序列，分子时代。 4.2 纤维素酶系统的组成 根据各酶的功能可分为三大类： (1)内切葡聚糖酶（endo-1,4-β-Dglucanase,EC.,来自真菌的简称 EG ，来自细菌的简称Cen）,这类酶作用于纤维素分子内部的非结晶区，随机水解 β-1，4-糖苷键,将长链纤维分子截断,产生大量非还原性末端的小分子纤维素。 4.2 纤维素酶系统的组成 (3)β-葡萄糖苷酶(β-glucosidase,EC.1,简称 BG）,这类酶水解纤维二糖和短链的纤维寡糖生成葡萄糖。对纤维二糖和纤维三糖的水解很快，随着葡萄糖聚合度的增加水解速度下降。 4.3 糖苷水解酶家族 以底物专一性为基础建立的命名方法不能反映酶分子的结构特性。 把作用于碳水化合物的相关酶类分成许多蛋白质家族，形成专门的数据库共享。 碳水化合物活性酶 (CAZy)分类系统，只对结构域进行定义。 CAZy中某一基因的结构域以模块表示。 图4.2 4.4厌氧细菌纤维素酶的结构与功能 厌氧细菌在纤维素底物上生长时，在细胞壁上产生隆起的细胞结构即为纤维小体。 不同生物体之间纤维小体结构相似，但其组成成分随着种的不同而有所差异。 纤维小体结构复杂、体积庞大、异质性强。 4.4.1 纤维小体的一般组装模式 结构蛋白：初级脚手架蛋白，锚定脚手架蛋白等 催化模块：纤维素酶、半纤维素酶等 4.4.2 粘连模块与对接模块 粘连模块 不同厌氧微生物的粘连模块序列差异很大。 同一个脚手架蛋白上的粘连模块一般为同一类型，不同粘连模块之间有不同的序列相似性。 目前型和型粘连模块晶体结构已测定。 对接模块 由大约具22个氨基酸的两条重复序列组成 钙离子促使对接模块折叠，并使其形成稳定的三级结构。也是粘连模块-对接模块相互作用所必需的。 对接模块与其相应的粘连模块的分支情况相对应。 粘连模块和对接模块相互作用 决定了纤维小体的结构，并纤维小体各亚基的整合仅依 赖于此。 主要以疏水作用相联系，并辅以相对较少的分子间氢键。 热纤梭菌中Ⅰ型粘连模块与对接模块的相互作用是目前已知最强的蛋白质间相互作用之一。 粘连模块和对接模块相互作用 粘连模块与酶上对接模块在种内的结合是非专一性的，而在种间的相互作用却是专一性的。生化水平上，包含对接模块的酶与包含粘连模块的脚手架间的结合本质上是非特异性的。 对接过程中粘连模块总体结构本质上不变，对接模块发生了构象变化。 4.4.3 纤维小体上的催化模块 以热纤梭菌为例，它既有纤维小体酶系，也有游离的非纤维小体酶。区别纤维小体酶与游离酶的关键特征是，纤维小体酶带有对接模块 。 催化模式具有多种情况：热纤梭菌中，表现为葡聚糖内切酶活性、持续降解的纤维素内切酶活性、纤维素外切酶。 典型的纤维小体外切酶（或持续性内切酶）的空间结构 典型的纤维小体内切酶的空间结构 4.4.4 碳水化合物结合模块CBM （carbohydrate-binding module) 根据序列和结构的相似度，CBM可被分成不同的家族。不同纤维小体家族中按功能分主要属于A型和B型。 脚手架上的CBM 酶分子的CBM 酶上的CBM不是保持酶复合体接近底物表面所必需的结构。然而其具有潜在的功能，似乎是单个酶专一性结合底物，特别是其在分子水平上结合单个底物分子链（如可溶性的β- 葡聚糖或木聚糖链）。 酶分子模块上的CBM既有A型也有B型。 纤维小体和游离酶上的CBM比较 CBM蛋白质的种类及其所属家族都是高度不同的。 但部分在纤维小体和游离催化系统中是相同的。 有些只存在于游离催化系统，而在纤维小体中完全不存在。 影响小体与底物结合的因素 弱离子