国家自然基金标书--基于新一代测序的生物信息学理论与方法.DocVIP

项目名称： 基于新一代测序的生物信息学理论与方法 首席科学家： 张学工 清华大学 起止年限： 2012.1-2016.8 依托部门： 教育部 中国科学院  一、关键科学问题及研究内容 解读生物细胞复杂的信息调控系统是理解各种复杂生命现象机理的关键。新一代测序技术为我们提供了从多个角度观测这个复杂调控系统的可能，但要从数量巨大、类型复杂的测序数据中挖掘出规律性的知识、并通过整合这些知识形成对系统的整体认识，需要解决一系列生物信息学理论与方法问题。 本项目拟结合基因组、表观基因组、转录组、调控组、宏基因组等各个生物层面上的应用，从数据产生的源头、数据处理的各个环节和对复杂生物机理的解析等方面入手，系统研究新一代测序相关的一系列生物信息学问题。这些问题包括：怎样建立各种新一代测序数据产生和误差的数学模型？能否通过对数据模型和后续应用的研究指导测序的实验设计和技术改进？怎样通过算法、软件、硬件和系统的策略有效应对超海量测序数据带来的存储、传输与计算问题？如何通过信号处理、模式识别等手段准确有效地从ChIP-seq、bisulfite-seq、3C、RNA-seq、CLIP-seq等类型的测序数据中提取各种有效信号？怎样建立比较各种信号的统计模型？怎样通过高分辨率基因组和表观基因组数据识别各种调控元件、构建调控系统？如何通过对RNA测序数据的处理精细绘制转录组、精确构建编码和非编码基因