水分子三聚体的ab+initio和ABEEM2fMM方法-研究与配体和受体间的结合自由能计算方法的评述.pdfVIP

水分子三聚体的abinitio和ABEEM／MM方法的研究及配体和受体问的结合自由能计算方法的评述 分子识别在很多生物进程中起到十分重要的作用，如：酶催化的特异性，免疫系统 对抗原的识别，细胞信号传导等【19】。结合自由能的计算对分子识别问题具有很重要的应 用价值。自由能值的正负决定了反应的方向性，即：当AG0时，反应不能自发进行； 当AG0时，反应可以自发进行；当△G=0时，反应达到平衡状态。而△G值的大小决 定了反应的趋势及程度。本文的第二部分工作主要评述了计算配体和受体间结合自由能 的各种方法，以及各种方法的优缺点；其次，介绍了计算结合自由能过程中长期存在问 题与挑战，包括势能函数模型和溶剂化模型的合理建立，配体与受体结合过程中平动熵、 转动熵、构型熵变化的精确计算；最后，非常简要地介绍了我们应用ABEEM／MM力场 结合GBSA和LIECE方法进行结合自由能计算的初步尝试及取得的进展。 2 水分子三聚体的abinitio和ABEEM／MM方法的研究及配体和受体问的结合自由能计算方法的评述 第二章基础理论和计算方法 2．1Ab initio理论 为-I-J独立的，同时也与化学各分支学科以及物理、生物、计算数学等互相渗透的学科， 在多个领域如材料、能源、环境、化工生产以及激光技术中得到广泛应用。 (uncertaintyprinciple)，区间内电子出现的几率正比于波函数绝对值的平方，通过求解 Schr6dinger方程得到电子的波函数。 多体理论是量子化学的核心问题。n个粒子构成的量子体系的性质原则上可通过求 解n粒子体系的薛定谔方程得到体系的波函数来描述。量子化学中的从头计算(abinitio)， 意味着对与时间无关的分子体系的薛定谔方程的求解： 协1 i1牛2三2∑iVMpq等+苷否昝一叫， 然而，求解这个方程是相当困难的，目前仅对少数几个简单的体系如氢原子和类氢 离子体系得到了精确的解。对于多电子体系需要建立各种近似方法求解，其中最常用的 近似方法是变分法和微扰理论以及近年来发展起来的密度泛函理论方法。 由于组成分子体系的原子核的质量是电子质量103～105倍，因此分子中的原子核的 运动速度要比电子的运动速度慢得多，这就使得当核间进行任一微小运动时，迅速运动 的电子都能立刻进行调整，建立起与变化后的核力场相对应的运动状态，即在任一确定 子体系下的薛定谔方程(2．1．1)进行处理，将分子中核的运动与电子运动分离开来，而把 电子运动与原子核运动之间的相互影响作为微扰，从而得到在某种固定核位置时体系的 电子运动方程： 亿地， i 协2 V；一善吾+萎等+蔷驴‰(e)眇’ 其中E(。’代表在固定核时体系的电子能量，也被称为势能面。 2．1．1分子轨道理论 Rothann方程。随着计算机计算速度和精度的不断提高，从头计算(abinitio)分子轨道理 论得到广泛的应用。 闭壳层分子意味着分子中所有的电子均按自旋相反的方式进行配对，即对含有N个 水分子三聚体的abinitio和ABEEM／MM方法的研究及配体和受体间的结合自由能计算方法的评述 …， N／2}，表示为行列式波函数形式： 1)呱，2p(N)I，式中队D为单电子自旋本征态。 其中， 不考虑磁相互作用，体系的Hamilton量可表示为：I：I=∑矗(i)+∑垂(i，j) ‘ o【=l1ai 1ij 系的能量可以表示为： (2^L1) E=2莩)①枇)以+，凳[2)①，①，Ig(训西，①小)①，中后(训①，①，(】 如果将分子轨道表示为基函数的线性组合，用变分法确定组合系数，就得到了 Roothann方程。选用的基函数，既可以是正交的，也可以是非正交的。常用的基函数有 得到单粒子近似下的精确解，但实际的计算只选取有限个基函