2000年6月公共领域测序计划工作框架图.PPT

第一代多态性标记是RFLP（restriction fragment length polymorphism，限制性片段长度多态性） 第二代多态性标记是短的串联重复序列 包括小卫星DNA和微卫星DNA，其多态性主要来自重复序列拷贝数的变化 小卫星DNA—由15-65bp的基本单位串联重复而成，长度一般不超过20kb。 重复次数（小卫星DNA区的长度）在人群中是高度变异的；按照孟德尔的规律遗传 微卫星DNA/简短串联重复（STR、STRP或SSLP） 重复单元2-8bp，通常重复10-60次 CTAGCTTATATATATATATATATATATATAAGCTTGC 真核生物基因组中的DNA重复序列主要有哪些类型？简要说明基因组重复序列可能的生物学意义以及基因组重复序列在分子标记研究中的应用 （12分）中国科学院2002年 硕士学位研究生入学分子遗传学试题 第三代多态性标记是单核苷酸的多态性 （single nucleotide polymorphism，SNP） SNP：是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。 第一军医大学2003年分子生物学 人类99．9％的基因密码是相同的，而差异不到0．1％，不同人群仅有140万个核苷酸差异。这些差异是由“单一核苷酸多样性”（SNP）产生的，它构成了不同个体的遗传基础。在整个基因组序列中，人与人之间的变异仅为万分之一，从而说明人类不同“种属”之间并没有本质上的区别。 SNP与RFLP和STR标记的主要不同之处在于，它不再以DNA片段的长度变化作为检测手段，而直接以序列变异作为标记。 2、物理图 以已知核苷酸序列的DNA片段（序列标签位点，sequence-tagged site,STS）为“路标”，以碱基对作为基本测量单位（图距）的基因组图。 3、转录图 以EST（expressed sequence tag ，表达序列标签）为标记，根据转录顺序的位置和距离绘制的图谱。 EST：通过从cDNA文库中随机挑选的克隆进行测序所获得的部分cDNA的5'或3'端序列称为表达序列标签（EST），一般长300-500bp左右。 4、序列图（分子水平的物理图） 序列图是指整个人类基因组的核苷酸序列图，也是最详尽的物理图。1m 既包括可转录序列，也包括非转录序列，是转录序列、调节序列和功能未知序列的总和。 2000年6月公共领域测序计划工作框架图 第二节　ＤＮＡ的鸟枪法序列分析技术 一、　ＤＮＡ的鸟枪法测序原理 1999 年 12 月用“逐个克隆法”获得第一条人类染色体 —22号染色体完成序列 2000 年3 月用“全基因组鸟枪法”获得果蝇全基因组序列。 2000年6月公共领域测序计划工作框架图 二、DNA的鸟枪法测序的主要步骤 第一，建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。 第二，高效、大规模的末端测序。 第三，序列集合。 第四，填补缺口。 Shotgun法序列拼接 Sequence Gap 三、　ＤＮＡ的鸟枪法测序的优缺点 优点：速度快 缺点： ●随着所测基因组总量增大，所需测序的片段大量增加 ●高等真核生物（如人类）基因组中有大量重复序列，导致判断失误 一、比较基因组学(Comparative Genomics) 概念：是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。 第三节　比较基因组学及功能基因组学研究 物种 完成年份 总长度/Mp 已完成总长的百分数/% 占常染色质百分数/Mb 基因数/Mb 酵母 1996 12 93 100 483 线虫 1998 96 99 100 197 果蝇 2000 116 64 97 117 拟南芥 2000 115 92 100 221 人类第21染色体 2000 34 75 100 7 人类第22染色体 1999 34 70 97 16 人类全基因组(Public Sequence) 2001 2693 84 90 12 人类全基因组(Celera Sequence) 2001 2654 83 99-93 15 基本完成DNA序列分析的真核生物基因组比较 二、功能基因组学研究 1. 概念：利用结构基因组学提供的信息，以高通量，大规模实验方法及统计与计算机分析为特征，全面系统地分析全部基因的功能。 2. 基因功能的研究方法 （1） 基因转导技术：导入细胞，观察功能。该方法用的最多，技术最成熟。 （2）基因敲除技术（gene knockout) 又称基因打靶（gene targeting）。这种技术是通过基因工程的方法将一个结构已知但功能未知的基因去除，或用其他序列相近的基因取代（又称