大口黑鲈EST数据库分析及与生长相关的分子标记筛选-水产养殖专业论文.docx

度（He）的范围分别为 0.150-0.857 (平均 0.480) 和 0.262-0.739(平均 0.550)，平均多 态信息含量（PIC）的范围为 0.261-0.740 (平均 0.384)。Hardy-Weinberg 平衡的卡方 检验结果表明 15 个位点中只有一个位点（Contig44566）严重偏离了平衡。 3、 大口黑鲈 SNP 的筛选及载脂蛋白部分序列上 SNP 多态性与生长相关的分析 根据大口黑鲈 EST 库中的载脂蛋白、激活素、锌指蛋白等生长代谢基因的 10 个片段设计引物扩增，结果共得到了 14 个 SNP 位点。为进一步研究其中载脂蛋白 （载脂蛋白 A1、载脂蛋白 A4 和载脂蛋白 C1）基因上的 SNP 位点，将其在另外 一个群体中进行验证，结果表明大口黑鲈载脂蛋白 A1 基因上有 1 个颠换 SNP 位 点：A+489C；载脂蛋白 A4 上筛到 1 个转换 SNP 位点：A+633T；载脂蛋白 C1 上 筛到 2 个颠换 SNP 位点：A+24G 和 A+75C。采用 SnapShot 的方法分别对同一群 体的 159 尾大口黑鲈的这 4 个位点进行检测和分型，统计基因型频率，并利用一 般线性模型分析 4 个 SNPs 位点与大口黑鲈体质量、全长等重要生长性状的相关性， 分析结果表明：在载脂蛋白 A1 基因上 A+489C 位点的不同基因型与体重和高之间 存在显著的相关性（P0.05）。载脂蛋白 A4 和载脂蛋白 C1 基因上的 A+633T、A+24G 和 A+75C 位点的不同的基因型与鱼的体重、体高和全长的相关性显著（P0.05）。 关键词：大口黑鲈，EST,EST-SSR,EST-SNP, 关联分析 Analysis of EST database for Largemouth Bass(Micropterus salmoides) and screening of Molecular markers of association with growth traits Abstract 1. Establishs and analysis of EST database for largemouth bass In this study, Roche 454 high-throughput technology was used to conduct transcriptome sequencing and establish ESTs database in the largemouth bass northern subspecies and florida subspecies. The results showed that a total of 468671 and 332322 ESTs were generated from northern subspecies and florida subspecies. The average length was 306.5bp and 304.4bp, respectively. Assembly of the largemouth bass northern subspecies and florida subspecies’ high quality ESTs resulted in 42056 and 35743 contigs. The average length was 612.6bp and 588.2bp, respectively. EST database of largemouth bass northern subspecies and florida subspecies was merged and then compared with known protein databases. 78938 EST sequences in total were annotated. Using the Gene Ontology （ GO ） information, we classified the sequences according to molecular functions 、 cellular functions and biological processes.By exploring the merged largemouth bass EST library, over 25469 and 8547 putative SSRs and SNPs were identified. Comparison of the northern subspecies and flor