RNA二级结构图亏格的动态生成计算法-计算机工程与应用.PDFVIP

26 2012 ，48 （11） Computer Engineering and Applications 计算机工程与应用 RNA 二级结构图亏格的动态生成计算法 1 2 高世乐 ，王启钊 1 2 GAO Shile , WANG Qizhao 1.华侨大学 信息管理与信息系统系，福建 泉州 362021 2.华侨大学 分子药物学研究所，福建 泉州 362021 1.Department of Information Management System, Huaqiao University, Quanzhou, Fujian 362021, China 2.Institute of Molecular Medicine, Huaqiao University, Quanzhou, Fujian 362021, China GAO Shile, WANG Qizhao. Dynamic generation method for calculating genus of RNA secondary structure graph. Computer Engineering and Applications, 2012, 48 （11）：26-31. Abstract ：A dynamic generation method is presented based on arc graph grammars of Rivas and Eddy （RE ）RNA secondary class to calculate the genus of RNA secondary structure graph. Comparing with the determinant method for calculating genus, the presented method mainly has two advantages ：the first one is the improvement of the effi- ciency of genus calculation, the second one is the generation of the mini-genus graphs of RNA secondary structures. Key words ：pseudoknots; RNA secondary structures; topological classification; genus 摘 要：基于Rivas 和Eddy （RE ）RNA 二级结构类的图语法，提出了一种计算RNA 二级结构图亏格的动态生 成算法。与已有的基于判定的亏格计算方法相比，该算法的优点主要有两点：一是提高了计算亏格的效率，二 是可以实现枚举小亏格RNA 二级结构图。 关键词：假结；RNA 二级结构；拓扑分类；亏格 文章编号：1002-8331（2012 ）11-0026-06 文献标识码：A 中图分类号：TP301.2 ；Q71 ；O157.6 1 简介 无能为力，因此需要计算亏格的新方法。本文基于 [2-3] 2008 年，Bon 等人提出了含假结RNA 二级结构 RNA 二级结构弧图语法 给出计算弧图亏格的动态 [1] 生成算法，该方法对小亏格RNA 枚举十分有效，并以 图的拓扑分类法 ，该方法理论基础严密，以亏格作 为对RNA 二级结构图进行分类的标准。亏格是一个 枚举亏格是1 的全部RNA 二级结构图为例阐释该方 反映图形拓扑复杂性的正整数，计算RNA 二级结构 法的使用。 图的亏格需要借助于二级结构图的费曼图，时间复 本文的算法既然是基于弧图语法，就要受到弧