QTL作图_关联作图_数据库该网站.pptx

QTL mappingQTL概念 数量性状基因位点，是位于染色体上影响数量性状的一些区域，其位置可以通过数量性状与遗传标记的连锁分析来确定。 QTL作图概念 一个数量性状往往受多个QTL影响，这些QTL分布于整个基因组的不同位置。利用特定的遗传标记可以确定影响某一性状的QTL在染色体上的数目、位置及其遗传效应，这就是QTL作图，也称作QTL定位。 QTL作图原理QTL作图的基本原理是利用特定遗传分离群体中的遗传标记及相应的数量性状观察值，分析遗传标记和性状之间的连锁关系。如果分析结果证明某个遗传标记与性状连锁，则可认定在该标记附近存在一个或几个QTL。分析一个性状与已知连锁图的一系列标记之间的连锁关系，即可确定存在多少个QTL及这些QTL在标记图谱上的位置。需要注意的是QTL作图中的连锁分析与质量性状不同，不能直接计算遗传标记和QTL之间的重组率，而是采用统计上的方法计算它们之间连锁的可能性，依据这种可能性是否达到某个阈值来判断遗传标记和QTL是否连锁，并进而确定其位置和效应。 单标记分析 单标记分析就是检测一个标记与性状是否连锁，并估计两者重组率，分析其遗传效应。若分子标记与性状完全连锁或部分连锁就意味着标记本身就是QTL或在标记附近存在QTL。在这种情况下，分离群体中不同标记基因型的个体携有某种QTL基因型的概率就不相等，因此不同标记基因型个体的性状值就会有差异，按标记基因型分组去比较组间性状值差异是否显著即可判断连锁是否存在。 单标记原理已知的标记未知的QTLMMMmMmmmMM有连锁无连锁mm分别表示QQ, Qq 和 qq 的频率性状平均值 检测单标记与QTL连锁的常见统计方法 1．T测验理论上（重组率）r＝0.5时，每种标记基因型性状值相等，故可对不同标记基因型性状平均值之差等于。作t检验，若差异显著，说明该标记与QTL连锁。2．方差分析按标记基因型将个体分组，进行单向分组的方差分析测验表明组间差异显著．说明该标记与QTL连锁。3．回归或相关分析对个体的性状值和标记基因型值进行回归或相关分析，若性状值对标记基因型值回归(相关)显著，说明标记与QTL连锁。若标记与QTL连锁。可利用标记基因型性状平均值及各组内方差估计重组率和QTL的效应，也可采用短阵估计和最大似然法等方法计算重组率和QTL的效应。关联作图关联作图（Association mapping)是以连锁不平衡为基础的，所以又称连锁不平衡作图（Linkage disequilibrium mapping,简称LD mapping)，与连锁作图类似，它也是鉴定目标性状与遗传标记或候选基因关系的一种分析方法。 连锁分析（linkage analysis）：考察两个基因座的位置是否临近，通过对一些基因数据的分析来寻找一些感兴趣的基因位置，也称为基因作图（genetic mapping）连锁不平衡（linkage disequilibrium；LD）：指一个群体的配子中的连锁基因之间是非随机组合的，亦即，一个基因座上的某些等位基因与同一染色体上另一基因座的某些等位基因一起出现的的频率大于单独由机会所产生的频率。连锁只与两个位点有关，而连锁不平衡是与两个位点上的等位基因有关。注：连锁与连锁不平衡的区别：连锁描述两个位点的位置关系，可通过重组率来度量，需要重组的数据，因此需要家系资料。连锁不平衡描述的是群体中两个位点上的等位基因的关联性，需要群体数据。 数据库网站 /ABID/ABID_JapanC.htm 中国农业大学 农业数据库导航 1 /2 http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ KOME:水稻的生物分子数据库 3 /gene/ 4 http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/ RAD: 水稻基因组注释数据库 QTL mapping QTL概念 数量性状基因位点，是位于染色体上影响数量性状的一些区域，其位置可以通过数量性状与遗传标记的连锁分析来确定。 QTL作图概念 一个数量性状往往受多个QTL影响，这些QTL分布于整个基因组的不同位置。利用特定的遗传标记可以确定影响某一性状的QTL在染色体上的数目、位置及其遗传效应，这就是QTL作图，也称作QTL定位。 QTL作图原理QTL作图的基本原理是利用特定遗传分离群体中的遗传标记及相应的数量性状观察值，分析遗传标记和性状之间的连锁关系。如果分析结果证明某个遗传标记与性状连锁，则可认定在该标记附近存在一个或几个QTL。分析一个性状与已知连锁图的一系列标记之间的连锁关系，即可确定存在多少个QTL及这些QTL在标记图谱上的位置。需要注意的是QTL作图中的连锁分析与质量性状不同，不能直接计算遗传标记和QTL之间的重组率，而是采用统计