复杂性状相关microRNA及遗传位点的分析与预测-生物信息技术专业论文.docx

A Dissertation Submitted in Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of Doctor of Philosophy in Bioinformatics Analysis and Prediction of Complex Traits Related MicroRNA and Genetic loci Ph.D. Candidate : Li Lun Major : Bioinformatics Supervisor : Prof. Zhou Yanhong Huazhong University of Science Technology Wuhan, Hubei 430074, P. R. China May, 2015 独创性声明 本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研 究成果。尽我所知，除文中已经标明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或 集体已经发表或撰写过的研究成果。对本论文的研究做出贡献的个人和集体，均已 在文中以明确方式标明。本人完全意识到，本声明的法律结果由本人承担。 学位论文作者签名： 日期： 年 月 日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权 保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。 本人授权华中科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检 索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。 本论文属于 保密□ ，在 年解密后适用本授权书。 不保密□。 （请在以上方框内打“√”） 学位论文作者签名： 指导教师签名： 日期： 年 月 日 日期： 年 月 日 华 华 中 科 技 大 学 博 士 学 位 论 文 I I 摘 要 绝大多数人类疾病以及农艺性状都属于复杂性状，通常受到大量的遗传因素的 控制以及环境因素的控制。阐明复杂性状的遗传机制，对人类复杂疾病的致病机理 研究、诊断预防以及新药的研发都有重要的意义，也为动植物品系的改良、产量及 品质的提高奠定基础，因此具有重要的科学意义以及实际应用价值。 目前复杂性状基因组定位技术已经取得了一些成果，然而这些方法在不同环境 中再现率低以及遗漏了大量微效位点，难以有效阐明复杂性状的分子机制以及准确 预测表型。此外，包括 miRNA 在内非编码调控元件与复杂性状紧密关联，挖掘这些 关联是当前研究的热点和难点。针对于此，本研究围绕着复杂疾病相关 miRNA 的预 测及甘蓝型油菜农艺性状相关位点的全基因组分析进行了研究，主要内容如下： （1）采用文本挖掘的方法建立癌症与 miRNA 之间的关联网络，并挖掘潜在的 癌症相关 miRNA。首先，对 MEDLINE 摘要中的 miRNA 与癌症的关联进行挖掘， 并将结果整理为 miCancerna 数据库。而后，在 miCancerna 数据库构建的 miRNA 与 癌症关联二分网络上，利用重启型随机游走算法预测 20 种常见癌症类型的相关 miRNA。交叉结果显示，这种预测方法取得的感应性曲线下面积为 0.798，其预测性 能高于其他同类方法。进一步对每种癌症的潜在相关 miRNA 进行挖掘，结果发现在 所有癌症的排名前 5 的候选 miRNA 中，71%的预测结果都可以得到实验证据的支持。 （2）提出了一个新的度量 miRNA 功能相似程度的策略。该策略利用 miRNA 引 文的文本相似性来推测 miRNA 在功能上的相似程度，并在此基础上挖掘潜在的疾病 与 miRNA 的关联。首先通过对 MEDLINE 摘要进行挖掘，构建了一个涵盖了大量 miRNA（共 1,007 个）的功能相似性数据集。分析发现，该分值符合生物学假设， 能有效反映 miRNA 表达相似性的变化趋势以及区分疾病与非疾病的 miRNA 对。之 后根据该相似性分值构建 miRNA 功能相似性网络，最终应用重启型随机游走算法对 潜在的 miRNA 与疾病的关联进行挖掘。交叉验证结果显示，这种预测方法具有较高 的预测性能。另外，本方法对潜在与结肠癌、子宫内膜癌、肺癌以及心肌病相关的 II II miRNA 预测的大部分结果存在实验数据支持。与现有的 miRNA 功能相似性度量标 准相比，本研究提出的基于文本的 miRNA 功能相似性的度量方法具有更广泛的应用 范围、更高的可靠性和更优越的挖掘潜在疾病 miRNA 的能力等优点。 （3）除了人类疾病相关 miRNA 预测之外，本文还重点研究了植物的复杂农艺 性状。本文对全基因组育种模型在油菜开花期性状中的应用进行了评测，并对相关 位点进行了定位及功能分析。首先