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核小体结合模体的预测及
它们在人类基因功能位点附近的分布
摘要
基因调控的复杂模式和人类基因组的普遍转录以及丰富的非编码基因, “DNA元
件百科全书”计划的这些发现使得人们对基因概念的认识更加广泛,对转录调控系统
和调控机制产生了新的理解,并开创了人类认识基因组全部序列功能的新开端。最近,
人们对挖掘非编码序列中可能存在的功能片段以及非编码序列的演化和进化方面做了
大量的工作。75—90%的真核生物基因组都被组装成作为染色质基本重复单元的核小
复中扮演着重要的角色。尽管有许多因素可以影响核小体的定位,但现有的核小体定
位数据显示,核小体对特殊的DNA序列有高度的亲和力,DNA本身的序列在体内核
小体定位中扮演很重要的角色。非编码序列在人类基因组中占绝大的比例,所以研究
它们的特征和偏好模体对理解非编码序列的功能和核小体定位是非常重要的。很多理
论和实验的分析指出,核小体在基因组上的分布是非均匀的,核小体分布在特定的功
能位点附近表现特殊的形式。还有实验数据揭示在一个核小体中,组蛋白和DNA相
互作用有三个作用很强烈的区域。所有这些信息暗示,DNA序列中存在一个与组蛋
白相互作用的模体集合,我们称之为“核小体定位模体。我们相信这些模体是核小体
定位、分布和重塑的主要决定因素。转录调控是诸多因素相互作用的复杂过程,如特
殊的转录因子,非编码调控元件和调节蛋白因子结合的核小体缺失区域等。核小体定
位和动态的染色质重塑调节蛋白因子与DNA序列的可接近性,表明核小体定位是转
录因子结合的普遍决定因素。核小体在基因转录调控和其他细胞过程中的重要作用,
使得探索核心组蛋白与基因组DNA序列之间的相互作用成为目前分子生物学的热点
课题。
基于调研,其他研究者以前的一系列工作仅限于研究基因临近区域的核小体组装
模式,这些与基因转录调控相关。但很少有研究者从全基因组水平上寻找与组蛋白相
互作用的DNA模体。目前对核小体定位的实验研究是分散的,未完整的。采用穷举
法来完善核小体定位研究是不现实的,必须借助系统的理论分析。已经发现人类基因
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