材料微观结构演化大规模分子动力学软件比较.doc

材料微观结构演化大规模分子动力学软件比较 聂宁明1 胡长军2 张云泉3 贺新福4 张博尧1 李士刚3 1中国科学院计算机网络信息中心，北京 100190 2北京科技大学计算机与通信工程学院083 3中国科学院计算，北京 100190 4中国原子能科学院研究院，北京 102413 (nienm@) Comparison of Large-scale Molecular Dynamics Software for Materials Computing Ningming Nie1 Changjun Hu2 Yuquan Zhang3 Xinfu He4 Boyao Zhang1 Shigang Li3 1 (Computer Network Information Center, Chinese Academy of Science, Beijing 100190) 2 (School of Computer &Communication Engineering, University of Science &Technology Beijing, Beijing, 100083) 3 (Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Science, Beijing 100190) 4 (China Institute of Atomic Energy, Beijing 102413) Abstract Molecular dynamics simulation is an important tool for studying materials microstructure evolution under radiation effects. Four kinds of mainstream large-scale molecular dynamics open source software for materials computing, LAMMPS, Ls1-MarDyn, IMD and CoMD, are introduced in detail in this paper, with data structures, computational methods, parallel decomposition methods and atomic storage, etc. are compared and analyzed. By the design examples, computational efficiency, parallel performance and memory usage have been tested. It provides the basis for subsequent research to realize large temporal and spatial scale molecular dynamics simulation. Key words Molecular Dynamics; Large-scale; Data Structure, Material Irradiation Damage 摘要 分子动力学模拟是研究材料辐照效应下微观结构演化的重要工具。本文对四款主流材料计算大规模分子动力学开源软件LAMMPS，Ls1-MarDyn，IMD和CoMD进行了详细的介绍，从数据结构、计算方法、并行分解方式、原子存储等多个方面进行横向分析比较。通过设计算例测试了各软件的计算效率，并行性能和内存使用情况。为后续实现大时空尺度分子动力学模拟研究提供了研究基础。 关键词 分子动力学模拟；大规模；数据结构；材料辐照损伤 中图法分类号 TP391 材料辐照损伤研究涉及从原子尺度到宏观尺度的9个数量级的跨越，以及皮秒量级原子键断裂过程到几十年工程结构失效和破坏的跨时间尺度的非线性过程。这一演化和发展过程在实验很难观测和发现。因此，目前为止，材料工作者对材料辐照损伤过程中内部微观过程和演化机理尚缺乏深入的了解。高性能计算机技术的发展使人们从微观层次深入理解材料成为可能，成为当今国际材料界的重要研究领域。分子动力学模拟作为原子尺度模拟的经典计算方法，在材料微观结构演化规律研究中处于重要地位。 分子动力学模拟(moleculardynamics simulation , MD)是通过利用计算机求解体系内所有粒子的运动方程来模拟粒子的运动轨迹，从而获得系统的温度、体积、压力、应力等宏观量和微观过程量。从上世纪五十年代发展以来[1,2]，已经在包括物理，计算化学，计算生物，材料科学，药物设计等多个领域有了十分丰