植物微型反向重复知转座子数据库p-mite的构建和烟草中tmv侵染后无症状表型控制基因的遗传克隆.docx

华中农业大学2016届博士研究生学位论文 1．4．5后续工作展望 28 第二章利用RNA．seq和混合池分析法(BSA RNA)进行基因定位的方法开发 ．．30 2．1前言 ．30 2．1．1测序技术的发展 30 2．1．1．1第一代测序技术 30 2．1．1．2第二代测序技术 3l 2．1．1．2．1罗氏454测序 一32 2．1．1．2．2 Illumina Solexa测序 ．32 2．1．1．2．3 ABI SOLID测序技术 33 2．1．1．2．4 Ion torrent测序技术 33 2．1．1．3第三代测序技术 34 2．1．2第二代测序在基因组学研究中应用 34 2．1．2．1基因组测序和重测序 35 2．1．2．2 RNA．scq测序和Chip-seq测序 ．．35 2．13第二代测序在植物遗传学研究的应用 36 2．1．3．1 DNA分子标记的开发 ．36 2．1-3．2基因分型和高精度连锁图谱的构建 ．．36 2．1．3．3 目标基因的快速定位 37 2．2．1使用的软件和工具 39 2．2材料与方法 ．．39 2．1．4课题的由来和意义 39 2．2．2测试数据来源 4l 2-3结果与分析 ．．42 2．3．1 SNPMAPPER的原理和分析流程 42 2．3．2 SNFM=AFPER在定位单基因控制性状中的应用 ．．44 2．3．