基因结分构预测.pptVIP

真核生物基因结构的预测分析 课堂练习 1使用GENESCAN预测序列中可能的ORF。 2使用GENOMESCAN预测序列中可能的ORF。 练习用的序列文件在c:\zcni\shixi2文件下，名字为clone.fasta，使用写字板打开查看。 启动子预测：PromoterScan 转录起始位点数据库数据库：DBTSS DBTSS搜索工具条 DBTSS搜索结果 FXYD5基因的启动子区域显示 ALB基因的启动子区域显示 下载启动子序列 课堂练习 1 使用PromoterScan 预测clone.fasta里面的潜在外显子。 2 利用DBTSS数据库搜索基因的转录起始位点和可能的上游调控序列。 转录终止信号polyA预测：POLYAH 课堂练习 使用CpG plot预测clone.fasta中的CpG岛。 使用POLYAH预测clone.fasta中的POLYA剪切位点。 Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 GENSCAN与Spidey结果比较 课堂练习 练习两种预测剪切位点的软件的使用，NetGene2和Spidey。 Spidey的同源序列文件保存在c:\zcni\shixi2文件下，名字为Spidey.txt，使用写字板打开查看。 选择性剪接的类型 选择性剪切查询：ASTD数据库 ASTD数据库检