结构生但物学3.pptVIP

第二章 结构生物学的研究方法 生物大分子的计算机模拟 X射线晶体学 电子晶体学与电镜三维重构 多维核磁共振波谱学 各种谱学方法 第一节 生物大分子的计算机模拟 生物大分子的计算机模拟方法 蛋白质三维结构的模建 核酸结构的模拟 生物大分子的计算机模拟方法 量子力学 分子力学 分子动力学 量子力学 量子力学是微观世界物质运动的普遍规律 一个分子体系的状态可以用Schrodinger方程来表示，通过求解Schrodinger方程可以得到分子体系的结构和性质 量子力学方法的特点： 计算结果精确度高，限于计算机的计算能力，能够计算的体系小 从头计算方法：100个原子；半经验计算：1000-10,000个 目前，生物大分子体系还不能用量子力学方法模拟 分子力学 分子力学是一种近似处理方法 忽略电子的运动，将体系的势能看作是原子核位置的函数 力场：分子体系的势能函数 分子的势能 = 键伸缩能 + 键角扭曲能 + 扭转势能 + 非键相互作用项 函数形式和参数 力场是经验的 特点： 能够计算含有大量原子的体系 简单有效，目前应用得最广泛 分子力学描述的原子间相互作用 分子动力学 分子动力学是建立在牛顿力学基础上的一种分子模拟方法 将分子体系的运动看作是在势能面中质点的运动，求解运动方程可得到体系中所有原子的轨迹，从轨迹中可计算得到