kegg与go通路数据库介绍功能富集软件介绍.ppt

通路中各组件以及各组件之间的相互联系 Ｈｅｌｐ可以查看通路图中 输入50个差异表达基因 * GO是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能。 * 注意：基因产物可能分别具有分子生物学上的功能、生物学途径和在细胞中的组分作用。如细胞色素C，在分子功能上体现为电子传递活性，在生物过程中与氧化磷酸化和细胞凋亡有关，在细胞中存在于线粒体质中和线粒体内膜 上。 * 注意：基因产物可能分别具有分子生物学上的功能、生物学途径和在细胞中的组分作用。如细胞色素C，在分子功能上体现为电子传递活性，在生物过程中与氧化磷酸化和细胞凋亡有关，在细胞中存在于线粒体质中和线粒体内膜 上。 * 亚铁细胞色素 4 ferrocytochrome c + O2 + 4 H+ = 4 ferricytochrome c + 2 H2O. GO is hierarchical, and structured as a directed acyclic graph - each term can have more than one is_a parent. has both is_a and part_of relationships - the part_of relationship is widely critisised for having different meanings, amongst ontologies but also within ontologies. The meaning we generally use is ‘necessarily is_part’. * “语义”用图论的术语“结点”表示。 我们习惯于用父子结点来表示语义之间的关系其中父结点离根结点较近，表示相对宽泛的语义，而子结点离叶子结点较近，相对父结点其语义所代表的内容更为具体。 3. GO 具有典型的有向无环图（directed acyclic graphs (DAGs)的特点，生物过程，分子功能及细胞组分这三个ontology下面又可以独立出不同的亚层次，层层向下构成一个有向无环的树型分支结构。 基因本体论(GO)组织类似于图，语义作为图的结点，语义之间的关系为图中的边。因此，一旦产生新的语义，其与其它语义之间的关系也会同时被定义。 is_a 关系是一种简单的包含关系，指上一个概念包括下一个概念，下一个概念是上一个概念的实例； part_of 关系是指上一个概念包括下一个概念，下一个概念是上一个概念的一部分。 mictochondrion * 每个基因或基因产物都会有一个列表，列出与之相关的GO语义。每个数据库都会给出所有这些基因产物和GO语义的联系数据库，可以在GO的站点查询到。 ISS, inferred from sequence similarity, is where the annotations is based on a Blast hit or similar, and the data is interpreted by a curator. These evidence codes are used where some sort of experiment has been performed, these sorts of annotations are usually taken from papers, so the references would be a PubMed id. TAS， NAS： These two codes are also taken from papers, but this time based on statements made by the author rather than an actaul experiment. So these last two, IC, is where the curator has made an inference from the data, and no data available is only used with the ‘unknown’ e.g biological process unknown, GO terms. Lastly, inferred by electronic annotation. * This is just a microarray with the GO component s listed for each gene, so you can begin to see how you can cluster genes with similar