动植物群体遗传进化与GWAS分析-基于简化基因组.PDF

利用简化基因组测序技术，对动植物重要的自然群体进行全基因组的基因型鉴定，并与关注的表型数据进行全基因 组关联分析（GWAS），扫描并检测基因组内的遗传信息，最大程度地挖掘出群体内遗传变异，开发大量分子标记，预 测与性状关联的候选基因或基因区域，或者研究生物群体中的基因频率和基因型频率，讨论群体的遗传结构、遗传平衡 和影响群体遗传平衡的因素，从分子层面揭示该物种的进化机制、环境适应性等系列问题。与重测序技术相比，简化基 因组测序技术可降低基因组测序的复杂度，有无参考基因组均可，费用较低。 自然群体构建 不同品种/品系、不同生态型、 不同亚群 简化基因组测序 （有参/无参均可） SNP检测、注释 基因组变异图谱绘制 全基因组关联分析 群体遗传多样性分析 群体选择分析 ·显著SNP筛选 ·系统进化树构建 ·选择基因分析 ·目标性状相关候选基因 ·群体结构分析 ·选择基因清除 功能注释 ·群体主成分分析 样品要求 应用研究 测序策略 项目周期 每个亚群选取样本数量：动物10个；植物≥15个 群体进化 总体样本：≥30个 样品类型：DNA 测序深度：≥5X/个体，组装样本30X 样品总量：≥3ug 根据项目的实 样本数量：≥300个 际情况而定 样品浓度：50ng/ul GWAS分析 测序深度：建议组装样本≥5X ，比对样 本≥1X GWAS分析 群体进化 a 自然群体，所研究表型性状具有较强的遗传性 a 自然群体，物种单倍体或者二倍体的不同亚群，或不 同地理分布的品种 b 样本间无明显的亚群分化（如生殖隔离等），不同 地理分布，不同品种/品系 b 各亚群间区别明显，同一亚群内的个体有一定代表性 CC-9 2 010service@ / 地址：北京市昌平区中关村生命科学园博雅 号楼 层 电话： 邮箱： 网站： 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组测序 （Transcriptome Sequening）指对转录产物mRNA进行高通量测序，可同