Cytoscape使用方法(正式版本).pdfVIP

Cytoscape2.6 使用手册 郑国毅译 目录 目录 1 一、Cytoscape 介绍及其安装的一些要求： 2 Cytoscape2.6 的新特点 2 Cytoscape 的安装 3 系统性能的要求 3 安装过程 3 开始应用 3 内存的消耗说明 4 栈的大小分配 4 Cytoscape 的界面 5 菜单 6 File（文件） 6 Edit（编辑） 7 View（视图） 7 Select(选择) 7 Layout（布局） 7 Plugins（插件） 8 Help（帮助） 8 二、入门 Cytoscape 9 三、Cytoscape 中基本的数据表达分析 16 1 一、Cytoscape 介绍及其安装的一些要求： Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询 网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。它可以通过插件扩展的，为了适应快速发展的附加的 计算分析和和其他功能。 他最先用于生物学，为了整合分子间相互作用的网络（高复杂的，和其他的分子状态信息）。虽 然适应任何分子系统的结构和相互关系。他是非常强大的，在于联合大的数据库（蛋白质，DNA，和 对人类和生物日益重要的遗传）。Cytoscape允许可视化的网络与文件，显型，其它分子状态信息，和 链接网络到功能注释。 Cytoscape 的重要组织方式是网络，因子，蛋白质和分子用点表示，两点间的交互关系用链接也 就是边 Cytoscape 的发展 Cytoscape软件是由以下的机构联合完成的：Institute for Systems Biology (Leroy Hood lab), the University of California San Diego (Trey Ideker lab), Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (Chris Sander lab), the Institut Pasteur (Benno Schwikowski lab), Agilent Technologies (Annette Adler lab) and the University of California, San Francisco (Bruce Conklin lab). 可以访问 得知详细情况 许可 Cytoscape是受the GNU LGPL (Lesser General Public License)保护的。它是这个使用手册的 附属品，但是可以在线/copyleft/lesser.txt.找到。Cytoscape包括许多的开源 库，详细的解释在这个使用手册/Acknowledgements 下。 Cytoscape2.6的新特点 Cytoscape2.6包含了许多新的特色，增加改进软件的执行性和可用性。这些新增功能包括： Web Service Client Manager frame work to integrate web service clients into Cytoscape. 网络客户服务管理 Web Service client plugins for downloading networks fr