药物设计平台实用指南.PDFVIP

药物设计平台实用指南 徐 峻 中山大学药学院 报告摘要 药物设计平台是在超算支持下的、具有大数据处理能力的药物原始创新引擎 的核心装备，它的主要目的是解决药物设计过程中的基本问题：即，发现药物分 子的新骨架、预测分子的活性机理、评价分子的生物和化学性质、优化分子的药 学性质。本讲座通过实例，介绍在广州超算中心运行的药物设计平台的几个重要 模块的原理和使用方法： （1） 用于对天然产物进行虚拟筛选的WEGA 程序； （2 ） 用于对巨量化合物库进行稳定性进行评价的ChemStable 程序； （3 ） 用于虚拟药物筛选的LBVS 程序； （4 ） 用于发现药物活性新骨架的活性标注的化学骨架数据库ASDB 本讲座的目标是：使药物研发人员掌握药物分子设计的基本过程，例如，实 现小分子配体与药物靶标的合理对接、根据已知活性化合物知识进行虚拟药物筛 选和先导化合物创新或优化、破解中药的活性机理。 个人简历 徐峻，中山大学教授，匹兹堡大学兼职教授、药物分子设计 与生物超算研究中心主任、2010 年广东省引进科研团队核 心成员、中国化学会计算化学专业委员会委员、国家中医药 管理局中药专利资源重点研究室学术委员会副主任、广东省 超算学会常务理事、广东省中西医结合学会中药专业委员会 常务委员。1988 毕业于中国科技大学获理学博士学位。 1990-1993 年分别在澳洲国立大学、加拿大麦基尔大学做博士后研究。1993 年 以来，在美国生物医药工业界著名公司如BIO-RAD、Boehringer Ingelheim 制 药公司历任资深科学家，主管科学家、研发部总监。研究领域横跨药学、化 学、和信息科学。提出多种药物设计重要算法。发现了多种抗γ型人类疱疹病 毒、抗2 型糖尿病、抗耐药菌等先导化合物。主要研究兴趣包括中药现代化、 抗癌、抗感染、抗代谢类疾病药物研发、超级计算方法和网络图论应用。 1 生物信息学实用工具 任 间 中山大学生命科学学院 报告摘要 生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究生命科学中各种生物信息 的表达、采集、储存、传递、检索、分析和解读的科学,是现代生命科学与信息 科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科相互渗透和高度交叉 形成的学科。本报告简要介绍现代生物信息学的主要研究领域，及实用工具。 个人简历 任间，男，博士，中山大学生命科学大学院、肿瘤防治中 心，教授、博导。中山大学生物信息学中心主任，高性能计 算2011 协同创新中心应用研究部部长。广东省首批自然科学 杰出青年基金获得者，教育部新世纪优秀人才。 1998 至2002 年就读于上海交通大学动力与能源工程学 院，获核工程与核技术专业学士学位。2002 至2007 年在中 国科学技术大学近代物理系金革教授实验室攻读博士期间参 与国家大科学工程项目大天区面积多目标光纤光谱望远镜 （LAMOST），并承 担其中的巡天战略系统的研发工作，在计算机算法和大型工程软件设计开发方 面具有丰富的经验。2007 年7 月获得物理电子学工学博士学位之后进入中国科 学技术大学生命科学学院温龙平研究组进行博士后研究工作,将计算机和天文学 算法以及工程学思想成功运用到生物信息学领域，在蛋白质组生物信息学方面 取得了丰富成果。主要包括设计出高效的GPS （Group-based Prediction System） 预测算法，并基于该算法开发出十多种蛋白质翻译后修饰位点预测工具，此外 还构建多个数据库及可视化工具。2010