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2019-01-05 发布于湖北
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计算系统生物学.PDF

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计算系统生物学张世华中国科学院数学与系统科学研究院 1 Modular structure of biological networks Community structure of complex networks Shihua Zhang 2 Networks as a universal language Internet [Burch Cheswick] Electronic Food Web Circuit Disease Neural Networ Spread [Cajal] [Krebs] Protein Interactions [Barabasi] Social Network 生物分子网络的模块结构——复杂网络的模块化性质 • 复杂网络包括生物网络中存在模块或者社区结构(Module or Community structure) (Girvan and Newman, PNAS，2002；Rives and Galitski，PNAS, 2003) • 模块或者社区定义为网络中内部连接稠密，与外部连接稀疏的节点的集合 (Radicchi et. al. PNAS, 2004). • 数学表述: 其中V是子图，K是顶点的度。即子图 V 是模块的条件是模块内顶点的内部连边的度值之和大于模块内顶点的外部连边的度值之和 4 社团(模块)结构识别的重要性 • 许多复杂网络共有的性质。 • 研究模块结构有助于研究整个网络的结构和功能圣塔菲研究所的科学家合作网：模块代表从事相似领域研究的科学家数学生态学集合统计物理 5 社团(模块)结构识别的重要性 Guimera and Amaral, Nature, 2005 社团(模块)结构识别的重要性自然科学论文引用网络：6128 期刊, 约600万次引用，划分为88个模块