基于NGS测序的油菜中双11号物理图构建-作物遗传育种专业论文.docxVIP

华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文3．2 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文 3．2 WGP tag的生成 ．18 3．2．1测序数据的初步分析 一18 3．2．2去卷积与过滤 ～21 3．3 config的构建 ．．25 3．3．1 tag长度对config拼接的影响 26 3_3．2 cutoff值对contig拼接的影响 26 3．3．3 WGP结果评价 27 3．4 config与连锁图的整合分析 ．．29 4讨论 一39 4．1模拟实验的意义 ．39 4．2影响contig构建的因素 ．39 4．3物理图质量评估 ．40 4。4与大量遗传图整合的优势 ．40 4．5高质量物理图的用途与意义 ．4l 参考文献 42 致谢 49 Ⅱ 万方数据 基于NGS测序的油菜中双11号物理图构建摘要 基于NGS测序的油菜中双11号物理图构建 摘要 油菜是白菜和甘蓝杂交形成的异源四倍体物种，祖先种白菜和甘蓝基因组均发 生过三倍化的过程。因此，油菜的基因组结构非常复杂，限制了其基因组学研究及 分子辅助育种的进展。已经公布的欧洲冬性油菜品种Darmor-bzh参考基因组序列只 覆盖了油菜基因组的79％，不能完全满足油菜重要农艺性状关联分析和图位克隆等 研究的需求。因此，迫切需要一个高质量的油菜基因组序列；其中，一张高质量的 物理图谱是获得高质量参考基因组序列的重要基