第十一章微生特物分类.pptVIP

3.计算两菌株间的相关系数：计算机运用专门编写的程序，对OTU进行两两比较，最后计算出OTU之间总的相似系数。 4.列出相似度矩阵：由计算机计算各OTU之间的相似性并根据相似性的数值进行聚类分析、分群归类，得到相似度矩阵，即S矩阵。例如我们对10个菌株进行数值分类，经过系统聚类得到图A的S矩阵，相似度为百分数，100表示每个OTU自己与自己相比，自然全同。 将相似度高的和低的分别列在一起，结果得到 图B 所示的矩阵。 10个菌株的相似度矩阵 对10个菌株进行数值分类，经过系统聚类得到图A的S矩阵 5.系统聚类和结果的表示：数值分类结果可用多种方法表示，其中树状谱图由于直观明确而最常用。从图A所示的S矩阵看不出这10个菌株的相互关系，因此需要对矩阵进行重新处理，将相似度高的和低的分别列在一起，结果得到图B所示的矩阵再转换成能显示这10个菌株相互关系的树状谱(图C )。 由于数值分类法是按大量表型特征的总相似性进行分类的，故其结果不可能直接反映系统发育的自然规律，因此，由数值分类法获得的类群只能称为表元（phenon）或表观群（phenotic group），而不能当做严格的分类单元。 图C 10个菌株间相似度的树状谱 虚线表示各菌株相似度的水平，可用作属与种两个不同层次的分类单元 第三节 微生物的分类系统 一、生物的界级分类学说 两界系统 三界系统 四界系统 五界系统 六界系统 20世纪70年代末美国的伍斯（Woese）等人对大量微生物和其他生物进行16S rRNA（或18S rRNA）的寡核苷酸测序，并比较其同源性水平后，首次提出了生命第三种形式——古菌的存在。 随后他及其同事们又对大量菌株进行16S rRNA（或18S rRNA）序列研究，相继发现极端啫盐菌和极端嗜酸嗜热菌也和产甲烷菌一样，具有既不同于其他细菌也不同于真核生物的序列特征，而它们之间则具有许多共同序列，从而提出了三域学说（Three Domains Theory），即将生物分为三域：古菌域、细菌域和真核生物域。 系统发育树(phylogenetic tree) 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘关系。 系统发育树 1.提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法； 2.对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据 3.突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全新的分类理论； 4.为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究。 意义： 一、 细菌的分类系统 《伯杰氏手册》最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰（D.Bergey）（1860—1937）及其同事为细菌的鉴定而编写，第1版名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》（Bergey’s Manual fo Deteminative Bacteriology）。该书自1923年第1版问世以来，已进行过8次修改，现已发行第9版。 伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。 第一版(《系统手册》) 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。1994年又将《伯杰氏系统细菌学手册》1～4卷中有关属以上分类单元的分类鉴定资料进行少量的修改补充后汇集成一册仍用原来的书名出版，故称《伯杰氏鉴定细菌学手册》第9版。 第二版 《系统手册》 分5卷，将从2000年起陆续出版。第2版与第1版最大的区别，是将原核生物分为古菌域和细菌域，主要是基于分子系统发育资料而不是表型特征。 《系统手册》第1版共分4卷： 第一卷：一般医学和工农业方面重要的革兰氏阴性 细菌，共分11个组。 第二卷：放线菌以外的革兰氏阳性细菌，分6个组。 第三卷：光合细菌、古细菌、蓝细菌及其他革兰氏 阳性细菌，分8个组。 第四卷：放线菌，分8个组。 《系统手册》第2版 内容为： 第一卷：1～14组，包古菌、蓝细菌、光合细菌和最 早分支的属。 第二卷：15～19组，包括变形杆菌（属G-真细菌类）。 第三卷：20～22组，包括低（G+C）mol