生物信息学上机实践.docxVIP

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2019-01-12 发布于广东
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生物信息学上机实践.docx

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进入NCBI（ HYPERLINK "/guide/" /guide/），选择Nucleotide，搜索栏填写TPH2，点search 选择Homo sapiens tryptophan hydroxylase 2 (TPH2), mRNA。查看TPH2 DNA序列，了解基因信息进入e！Ensemble（ HYPERLINK "/index.html" /index.html），搜索栏输入TPH2，点GO By Feature type，选择Gene—Human 选择HYPERLINK "/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000139287"TPH2 [ Ensembl/Havana merge: ENSG00000139287 ] Export data ：以Text格式输出 HYPERLINK "/Homo_sapiens/Location/View?db=core;g=ENSG00000139287;r=1272580398" Chromosome 12: 72,332,626-72,580,398基因序列进入台湾卫生研究院（ HYPERLINK ".tw/resources.htm" .tw/resources.htm），选择GENSCAN 导入HYPERLINK "/Homo_sapiens/Location/View?db=core;g=ENSG00000139287;r=1272580398"Chromosome 12: 72,332,626-72,580,398基因序列，点Run GENSCAN 得到HYPERLINK "/Homo_sapiens/Location/View?db=core;g=ENSG00000139287;r=1272580398"Chromosome 12: 72,332,626-72,580,398基因序列基因结构分析及其相应基因所翻译蛋白质的氨基酸序列信息选择某一蛋白质序列，如>/tmp/04_07_12-02:10:15.fasta|GENSCAN_predicted_peptide_1|505_aa 进入NCBI（ HYPERLINK "/guide/" /guide/）做protein blast，确认预测的AA 选择BLAST 选择Protein blast 导入>/tmp/04_07_12-02:10:15.fasta|GENSCAN_predicted_peptide_1|505_aa的AA序列，点BLAST 得到相应protein blast结果