基于基因组测序的黄瓜高密度遗传图谱构建和果皮浅绿突变体基因定位-蔬菜学专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 密级： 密级： 论文编号： 中国农业科学院 学位论文 基于基因组测序的黄瓜高密度遗传图谱构 建和果皮浅绿突变体基因定位 Sequencing·-based High-·density Genetic Map Construction and Mutation Mapping in Cucumber 硕士研究生：周倩 指导教师：张忠华研究员 申请学位类别：农学硕士 专 业：蔬菜学 研究方向：蔬菜遗传育种 培养单位：蔬菜花卉研究所 中国农业科学院研究生院 2015年4月 万方数据 Imlllll,lllli Imlllll,lllliJllllllllliJlllllllllllllllll Y2787884 Secrecy： No． C hinese Academy of Agricultural Sciences Dissertation Sequencing·based mgh·density Geneiic Map Construction and Mutation Mapping in Cucumber Ms．C andidate：Qian Zhou Advisor：Zhonghua Zhang Maj or：Vegetable Science Specialty：Vegetable Genetics and Breeding April 2015 万方数据 独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证 书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了 明确的说明并表示了谢意。 研究生签名： 闩惭 时间：∥2【年卵叼日 关于论文使用授权的声明 本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科 学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩 印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不 同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。 研究生签名： 时间： 荫岁年螂日 导师签名： 时间：讪眵年f月叩日 万方数据 中国农业科学院 中国农业科学院 硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 j谱构建及突变体基因定位 疏采遗传 研究方向 罔1、 千)) 蔬森 ；花卉研究所 l 专 业 签名 黄瓜分子育 ＼ 种 蔬菜作物遗 传育种 生物化学与 分子生物学 生物化学与 分子生物学 分子生物学 甄暖 生物化学与 分子生物学 生物化学与 分子生物学 钝良一 }疔承 ；所行综合楼2 l 2会 议室 万方数据 摘要黄瓜是世界范围内重要的蔬菜作物，目前已经完成了栽培、野生多个材料的参考基因组拼接， 摘要 黄瓜是世界范围内重要的蔬菜作物，目前已经完成了栽培、野生多个材料的参考基因组拼接， 构建了涵盖1 15份核心种质的变异组图谱，但是黄瓜重要性状控制基因／QTLs的研究仍然滞后。 黄瓜中现有的遗传图谱主要是基于SSR、AFLP等分子标记构建，标记密度不足，限制了基因／QTLs 的定位精确度和准确率，不能满足基因克隆和分子育种的需求。本课题通过对一个重组自交系(R ecombinant inbreed line，RIL)群体进行低覆盖度重测序，利用SNP构建了黄瓜超高密度遗传图谱。 在此基础上，结合表型数据进行了多个性状的QTL定位。该图谱将促进黄瓜重要性状的基因／QTLs 定位研究，并为了解和利用黄瓜基因组信息提供更多数据支持。除利用遗传图谱进行基因／QTLs 研究外，本课题中还利用黄瓜EMS突变体库，筛选了黄瓜果皮浅绿的突变体，通过混池测序的 方法仅利用一个较小的F2群体，快速确定了突变位点，定位了候选基因。本课题的主要结论如下： (1)利用含有147个单株的RIL群体(9930x9110Gt)，构建了超高密度遗传图谱。该图谱 总长度1384．4 cM，包含1 15，933个SNP，759个重组片段，覆盖全基因组98％以上。 (2)将所构建遗传图谱与9930拼接基因组序列进行比较，99％以上的遗传图谱顺序与序 列图谱顺序一致，证明了遗传图谱的高精确性。同时发现，染色体5的0—3．3Mb处9条Super-scaffold 被错误定位，应该位于12．3—12．4Mb之间。 (3)初步了解了全基因组重组率的变化规律，识别了22个重组热点区域。 (4)对抗黑星病(Ccu)、亮皮(D)和果皮网纹(功质量性状基因进行了遗传定位，其中抗黑 星病基因被缩小到88