基因组的学遗传分析.pptxVIP

基因组的 遗传学分析 生科131 朱泽贤 2015.11.10 个体基因组的遗传变异 01 个体基因组的遗传变异 类型 简称 大小/bp 发生频率/kb 基因座数量 单核苷酸多态性 SNP 1 1 1000万 插入或缺失 InDel 2-100 10 20万 单序列重复 SSR 3-200 30 10万 拷贝数变异 CNV/CNP 100-1000000 3000 0.86万 复杂变异 500 (single nucleotide polymorphisms) SNPs 由于SNP是明确的DNA序列单个碱基改变，用于分辨特殊DNA序列的分子生物学方法都可以用来检测SNP。 SNP检测方法：原理区分 01 02 03 04 (Deletion-insertion ploymorphism) InDel 寡核苷酸探针特异杂交(ASO) 设计中包含SNP位置的特异的寡核苷酸顺序，通过严格控制杂交和洗脱条件，同时设置对照，进行杂交时将SNP通过ASO杂交区分出来。 (Copy Number Polymorphism) CNV   核型分析 荧光原位杂交（FISH） 二代测序 基因芯片 分辨率 低 低 高 高 检测范围 只能检测大于5-10Mb突变 只能检测已知位点，通量较小 覆盖全基因组 覆盖全基因组 杂合性缺失（LOH）/单亲二倍型（UPD） 不能检测 不能检测 能检测 能检测 针对FFPE样本 FFPE 失败率高 FFPE失败率高 FFPE样本运行测序困难 有专门针对存放时间较长的FFPE样本的芯片产品 优缺点 染色体处理过程对操作者技术要求高，不同人员操作可能会导致完全不同的展带效果 定制进口探针，价格昂贵 成本昂贵 一张芯片，多种数据，快速、准确、高性价比 1. 已知综合征及一些病例数据库：Decipher 2. 正常人拷贝数数据库：DGV 3. 病例数据库含很多中心上提的芯片数据及部分资料：ISCA 4. UCSC上可以看到以上数据库的内容，用来查询某特定区域或基因是否存在CNV等等 (Positional Cloning) 定位克隆 定位克隆的步骤： (Genome Wide Association Studies) GWAS 概念：全基因组关联研究是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因，从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法。不同的变化带来不同的性状，如各种疾病的不同。 利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究的群体进行扫描，分析扫描得出的分子标记数据与表型性状之间关联关系的方法。 谢谢 观看 2015.11.10