在蛋白质组学临床研究中使用SONAR和BiognosysPQ500-Waters.PDF

[ 应用纪要 ] 在蛋白质组学临床研究中使用SONAR和Biognosys PQ500 对血浆蛋白质进行快速定性分析和绝对定量 1 1 1 2 2 2 3 Christopher J. Hughes Sarah Lennon Lee A. Gethings Florian Marty Sebastian Müller Lukas Reiter Robert S. Plumb 1 2 3 沃特世公司(英国威姆斯洛)； Biognosys AG (瑞士施利伦)；沃特世公司(美国马萨诸塞州米尔福德) 应用优势 简介 ■ 通过高通量蛋白质组学分析获得定性 蛋白质组学定量分析通常使用稳定标记同位素(SIL)进行绝对定量。最新的技术 结果和高精度定量数据 进展是肽试剂盒，采用该方法可对血浆样品组中的500多种蛋白质进行定量分析。 然而，如果使用传统MS采集模式(例如多反应监测(MRM))采集数据，会面临 ■ 使用SONAR™和Biognonsys PQ500 技术方面的挑战，因为仪器的负载循环会受到影响，进而导致数据采样不足。 试剂盒进行蛋白质绝对定量，平均CV为6% 另一种方法是SONAR，这是一种数据非依赖型分析(DIA)方法，既能实现高通 ■ 定量分析血浆蛋白质组的动态范围非常宽 量分析，又能确保高特异性，而且可以保持定量性能。已有文献对SONAR进 行了介绍1,2 ，其重点是如何利用快速扫描四极杆技术将SONAR整合到快速的 ■ 易于应用的解决方案，可整合到蛋白质 色谱分析和高通量的工作流程中。涉及蛋白质组学分析的临床研究就是高通量 组学临床研究的常规工作流程中 分析的一个实例，在分析过程中需要借助SONAR带来的分析优势。本应用纪 要介绍了SONAR的一个应用实例，在本应用中，我们使用SONAR对人类样品 (包括对照样品、慢性阻塞性肺病(COPD)患者样品和哮喘患者样品)中的血浆 蛋白质进行了高通量的绝对定量分析。 沃特世解决方案 SONAR Xevo™ G2-XS QTof ACQUITY™ UPLC™ M-Class 系统 ACQUITY UPLC M-Class CSH 肽分析专用柱 Progenesis QI 关键词 SONAR，蛋白质组学，微流， Spectronaut Pulsar X，Biognosys PQ500， Progenesis QI，血浆蛋白质 1 [[ A应用纪要PPLICA] T ION NOT E ] 实验 样品制备 样品为未除高丰度蛋白的人血浆(Innovative Research, MI)，分别源自健康对照者(n=6)、确诊COPD的患者(n=6)以及确诊哮喘的患者 (n=6)。对未除高丰度蛋白的人血浆样品进行还原、烷基化，然后过夜进行胰蛋白酶酶解。在LC-MS分析之前，将各个组中的样品进行 组内混合，并加标PQ500 SIL肽(Biognosys AG，瑞士施利伦)。 LC条件 信息学软件 LC系统：