一种检测小鼠转录因子活性的微阵列芯片的构建及应用-生物化学与生物.PDFVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2009, 36(2): 244~253 种检测小鼠转录因子活性的微阵列芯片的 构建及应用* 孙义民1, 2, 3, 4)** 曾令琴1, 2) 张 岩1, 2) 魏 丽3, 4) K R MITCHELSON1, 2, 3) 张 亮3, 4) 程 京1, 2, 3, 4) 1) 2) ( 清华大学医学系统生物学研究中心，北京 100084； 华大学医学院，北京 100084； 3) 4) 生物芯片北京国家工程研究中心，北京 102206； 博奥生物有限公司，北京 102206) 摘要 转录因子是一类具有序列特异性的双链DNA 结合蛋白 在哺乳动物细胞中，一个转录因子可以调控多个靶基因，一 个基因也同时受到多个转录因子的调控，从而形成复杂的基因表达网络调控机制 在蛋白质水平检测特定状态下组织或细胞 中的转录因子活性对深 研究基因表达调控的分子机制具有重要的意义 针对TRANSFAC 数据库提供的226 个小鼠转录因 子的PSSM，设计了240 个转录因子结合探针，构建了可以在蛋白质水平同时检测约200 个小鼠转录因子的微阵列芯片，实 验结果显示：a 针对含有不同DNA 结合结构域的7 个转录因子，进行依赖于抗体的转录因子活性检测，结果证明该芯片具 有良好的特异性；b 针对NF B 转录因子纯品，芯片的检测灵敏度可以达到0.5 nmol/L，线性范围为0.5～20 nmol/L，表明 芯片具有较高的灵敏度和良好的定量能力；c 针对经典的IKK，JNK 信号通路和JAK/STAT 信号通路，该芯片可以检测到 其关键转录因子的活性变化，证明芯片的可靠性；d 针对小鼠前脂肪细胞系3T3-L1 的分化，该转录因子活性芯片不但检测 到了已经报道的活性发生变化的转录因子，如PPAR 家族和C/EBP 家族外，还发现了以前没有报道过的SRF 等，充分显示 了芯片技术的高通量优势和发现新数据的能力 关键词 基因表达调控，转录因子，微阵列芯片，TF-ELISA 学科分类号 Q81 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00399 [1] 随着人类第一号染色体的序列公布 ，标志着 因，同时一个基因也会受到多个转录因子的组合调 “人类基因组计划(HGP) ”正式全部完成，在HGP 控 转录因子以重要的角色参与了包括肿瘤发生， [5] 的带动下，包括小鼠，水稻，酵母等几十种模式生 细胞分化等几乎 有的生物学过程 ，尤其是日本 [2] [6, 7] 物的基因组序列也公布于世 ，生物学家的研究重 京都大学 Yamanaka 教授 最近发表的 Oct4 、 点逐渐地由基因组学向功能基因组学过渡 包含转 Sox2、Myc 和Klf4 可以逆转体细胞成为干细胞的 录调控，转录后加工，翻译调控，翻译后修饰等几 科研成果，使生物学家对转录因子的兴趣又上升到 个核心层次的基因表达调控，无疑在功能基因组研 了一