生物信息学教学资料：生物信息学常用数据库.pptVIP

* * * * * PSI-BLAST 可以幫使用者比對相同蛋白質家族的氨基酸序列 PHI-BLAST 可以就特定的氨基酸部分進行比對； * PAM模型可用于寻找蛋白质的进化起源，而BLOSUM模型则用于发现蛋白质的保守域。 * Pam 1 表示有1%的氨基酸形成突变 Blosum62 表示比对结果中至少有62%的氨基酸相同 * * * * * * * * * * * * * /proteomics * /uniprot/?query=hbsagsort=score * PIR (Protein Information Resource) 国际蛋白质序列数据库，包含所有序列已知的自然界中野生型蛋白质信息。提供同源性和分类学组织的综合、非冗余的数据库。每周更新，每季度发行新版。 / /pir_databases/ UniProt SWISS-PROT+TrEMBL+PIR / ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/ * PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点； 3. 数据依据注释的质量分为4类。 网址： / 分类名称 (Name) 说明 (Comment) 记录数 (Number of entries) PIR1 已分类、已注释 (Classified and annotated) 13572 PIR2 已注释(Annotated) 69368 PIR3 未核实(Unverified) 7508 PIR4 未翻译(Unencoded or untranslated) 196 PIR数据库的分类情况(Release 51.03) * 目的： 帮助研究者鉴别和解释蛋白质序列信息， 研究分子进化、功能基因组。 它是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。 所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。 PIR（Protein Information Resource） * * * 除了蛋白质序列数据之外，PIR还包含以下信息： (1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源； (2)关于原始数据的参考文献； (3)蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因表达、翻译后处理、活化等； (4)序列中相关的位点、功能区域。 * PIR提供三种类型的检索服务： 一是基于文本的交互式查询， 用户通过关键字进行数据查询。 二是标准的序列相似性搜索， 包括BLAST、FastA等。 三是结合序列相似性、注释信息 和蛋白质家族信息的高级搜索， 包括按注释分类的相似性搜索、 结构域搜索等。 * /iproclass/ * /pirwww/dbinfo/uniprot.shtml * PROSITE 由专家审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的sites、patterns和profiles的数据库，可帮助确定新的蛋白质序列是否属于已知的家族。提供PrositeScan服务器搜索PROSITE库。 http://www.expasy.ch/prosite/ /databases/prosite/ ENZYME 基于命名系统的酶数据库。可按酶的EC号、分类、学名和俗名、化合物、辅助因子等查询。每个条目下列出所催化的反应和酶的来源、功能等，并提供到其它数据库、MEDLINE和代谢途径图的链接。 /enzyme/ /databases/enzyme/ * / * / * 4. 蛋白质结构数据库 * 显示分子结构（RasMol ， ChemView ） RasMol :Molecular Visualization Freeware for proteins, dna and macromolecules. * * 蛋白质结构数据库 PDB 蛋白质结构数据库，搜集由X射线衍射和核磁共振实验测定的生物大分子三维结构数据。 /pdb/ /pub/pdb/ NRL-3D(The NRL-3D database has been replaced with PDB.) 三维结构已经确定的蛋白质序列库，可以将新蛋白序列与库中序列比较，以判断是否与结构已知的蛋白质相似。 /pirwww/dbinfo/nrl3d.html /pir_databases/other_databases/nrl_3d/ * /pdb/home/home.do * PDB（protein data bank）