基因组学课件---基因组.pptVIP

单链RNA的分子内碱基配对可形成不同构型的高级结构 1.1.3 蛋白质的结构 ?一级结构（Primary structure） ?二级结构（Second structure） ?三级结构（Tertiary Structure） ?四级结构（Quaternary structure） 蛋白质的二级结构：?-螺旋（?-helix）,?-折叠（?-sheet） RNA和DNA的核糖脱氧核戊糖其差异 在于第二个碳原子上的基团，前者是羟基，后者是氢原子 腺苷(AR) 脱氧胞苷(dCR) β1’,N9-糖苷键 β1’,N1-糖苷键 β1’ β1’ N9 N1 C2 C4 ①A-T,G-C配对可形成很好的线性氢键 ②A-T对和G-C对的几何形状一样，使双链距离相近，使双螺旋保持均一 ③碱基对处在同一平面内。不论核苷酸的顺序如何，都不影响双螺旋的结构 ④为DNA半保留复制奠定了基础 DNA分子的 一级结构 作用于双螺旋结构的力 氢键－碱基对GC间形成3个氢键，AT对形成2个氢键 疏水作用(碱基堆积)－同一条链碱基之间碱基平面π电子形成强烈疏水作用 van der Vaals力－碱基平面之间距离0.34nm符合范德化作用力半径范围(0.17nm) 静电斥力(磷酸基)－双链磷酸基斥力使得两条链分开，Na＋离子中和磷酸基(屏蔽作用)，增加疏水作用； 碱基内能－碱基分子内能增加(温度等)影响碱基定向排列 结构 大沟（major groove） 小沟（minor groove） 碱基配对及氢键形成 螺旋桨效应 螺旋桨扭转就是一个碱基对中的两个碱基并不处于同一平面中，而是两个碱基平面相对碱基的长轴各自向着相反的方向扭转 如果沿着碱基对的长轴看去，靠近的一个碱基总是顺时针方向扭转。这样，螺旋桨扭角也总是定义为正值．A-DNA为15°，B-DNA为 12°，个别情况下可以低至3°，高至25°。 DNA的构象现已知有A，B，C，D，E，T，Z 7种 引起DNA双链构象改变的因素： 核苷酸顺序 碱基组成 盐的种类 相对湿度 Z-DNA B-DNA 1972年 Pohl发现 poly(dG-dC)在高盐下旋光性发生改变 1979年 Wang A.H-J(王惠君)，A.Rich对 d(CGCGCG)单晶作X衍射分析提出Z－DNA模型 糖磷骨架呈“之”字形（Zigzag）走向 左旋 G糖苷键呈顺式，使G残基位于分子表面 分子外形呈波形 大沟消失，小沟窄而深 每个螺旋有12bp 可能提供某些调节蛋白的识别 啮齿类动物病毒的复制起始部位有d（GC）有交替顺序的存在 增强子 在SV40增强子中有三段8bp的Z-DNA存在 转录相关： 原生动物纤毛虫，它有大、小两个核，大核有转录活性，小核和繁殖有关。Z-DNA抗体以萤光标记后，显示仅和大核DNA结合，而不和小核的DNA结合，说明大核DNA有Z-DNA的存在，可能和转录有关。 所谓DNA的三级结构，是指在一二结构基础上的多聚核苷酸链上的卷曲。在一定意义上，是指双螺旋基础上的卷曲 三级结构包括链的扭结和超螺旋或者是单链形成的环或是环状DNA中的连环体 松驰型DNA （relax form）。 超螺旋（Supercoiled） DNA， 负超螺旋 正超螺旋 检测DNA三级结构的方法： 密度梯度离心 凝胶电泳 电镜观察 SV40小染色体的拓扑学结构 原核生物DNA的三级结构： 绝大多数原核生物的DNA都是共价封闭的环状双螺旋 如果进一步盘绕则形成麻花状的超螺旋三级结构 White方程： L=T+W L（Linking number）：链环数或称拓扑环绕数，指cccDNA中一条链绕另一条链的总次数。其特点是 L是整数 在 cccDNA中任何拓扑学状态中其值保持不变 右手螺旋对L取正值 W（Writhing number）：扭曲数，即超数旋数 其特点是： 可以是非整数 是变量 右手螺旋时，W取负值 T（Twisting number）：缠绕数，即双螺旋的圈数 其特点是 可以是非整数 是变量 右手螺旋时T为正值 超螺旋的量度可以用超螺旋密度λ来表示： λ=（L-T）/T 在天然DNA中，λ约为-0.05 DNA分子的结构单元分别是三碱基体和四碱基体 碱基体通过Watson-Crick氢键配对和Hoogsteen氢键配对相互作用而结合成共平面聚合体： Watson-Crick－ Hoogsteen Watson-Crick－reversed Hoogsteen Reversed Wats