生物信息学教学资料：ncbimapviewerbymyself.pptVIP

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2019-01-18 发布于湖北
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应用NCBI Map viewer查找一个基因序列生科1201班周宇筝吴家裕马子良余腾基于人类基因组项目获得了序列数据，很多机构开始了对基因组序列的各项数据进行注释（annotation)，构建人类基因组整合图谱。其中美国的 UCSC (University of California Santa Cruz) ，NCBI(National Center for Biotechnology Information)和英国的Sanger中心收录的数据最为详尽。随着生命科学迅猛发展，数据库对于我们科研交流所需要的各项数据是十分重要的。真正有意义的不是数据，而是其背后的生物学含义。也因此，学会使用各种数据库对于科研、学习和交流是至关重要的。以上提及的几个数据库功能十分强大，本次仅展示在基因图谱中查找基因这一项用途。基因图谱是指，对生物的基因进行鉴定，以此测定它的染色体上的特定位置，然后用图示的方式把它表示出来。三大基因组图谱UCSC Genome Browser，NCBI Map Viewer和Ensembl Genome Browser对基因组序列的注释是目前为止最为丰富的。接下来我们将以NCBI Map Viewer（/mapview/）为例对基因IL6进行分析，查看其各项数据。 mRNA join CDs join * 在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。建议大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。 *