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蔬菜作物分子标记辅助育种（分子遗传图谱基础） 几种典型的分子标记 RFLP PCR-based: RAPD AFLP SSR, ISSRs SCAR CAPS SNP 分子标记的特点 基于DNA序列 单个碱基突变 插入/缺失 重排 数量多 分子标记的发展 . . . 分子标记的应用 遗传多样性与指纹分析 种质资源的遗传关系 遗传距离与杂种优势 品种纯度分析与品种鉴别 系统发生关系分析 遗传与做图 简单遗传性状 数量性状 (QTL) 不连锁 - testcross 连锁 - testcross 双侧翼标记 增加准确性 常用分离群体 F2 BC1 RILs BILs DH NILs 亲本选择 标记特定性状 性状在亲本间具有多态性。 基因组其他区域不是特别重要，但遗传上尽可能具有较大的差异。 做图 遗传上差异尽可能大。 要求性状可充分表现 近源亲本还是远源亲本 近源亲本 筛选标记的工作量大 可以利用较少的代数转育到目的亲本 一般只能用于一个特定亲本的转育 远源亲本 筛选标记的工作量小 转育需要的代数可能较多 多数情况下可用于不同亲本的转育 F2 BC1建立 RILs建立 BILs建立 同源性百分率 NILs建立 DH 建立 临时群体与永久群体 临时群体（ F2 BC1 ） 可以很快建立 只有有限的DNA 每个单株均是独特的 无法设置重复 永久群体（ DH、RIL、BIL等 ） 建立比较困难 可提供无限量的 DNA 每个群体是独特的 可设置不同时间地点的重复 DH与RIL群体 DH 完全纯合 DH 纯合速度快 DH 后代来自于同一个减数分裂 RIL后代来自于多个减数分裂 更多的重组几率 DH 并非在所有材料中都有可能 NILs与ILs NILs 通过回交产生 有较长的残余片段 易找到连锁标记 ILs 通过突变产生 少数碱基的突变 几乎无法找到标记 共显性标记 显性标记 不同群体标记的分离 群体 共显性标记 显性标记 F2 1:2:1 3:1 BC1 1:1 1:1 RI 1:1 1:1 DH 1:1 1:1 对表型鉴定的要求 表型鉴定一定要准确，不然无法获得准确的连锁标记 鉴定方法的可靠性（如某些物质的测定方法） 性状本身测定的难度（如不规则形状、株型） 表型的界定方法（抗病性的分级） 基因型界定 通过MAS进行快速转育 通过MAS快速获得重组单株 通过MAS进行回交转育需要考虑的几个因素 需要转育的基因组区段数量 群体大小 目标区域与其侧翼标记的重组频率 每个转育循环需要选择单株的数量 理论上的限制 需要改良性状的遗传复杂性 表型评价的准确性 基因型与环境的互作评价 上位互作的准确评价 实际应用上的限制 可分析的样品的数量 每次添加新的种质资源都需要进行QTL确定 在给定时间内可改良的基因型数量的限制 PCR标记 可早期取样 快速的 DNA 制备 可对大量样品进行分析 SSR (simple sequence repeat) 什么是SSR？ 在真核生物基因组中均存在着由1～4个碱基对组成的简单重复序列（简称ＳＳＲ)，如 (ＧＡ)ｎ、(ＡＣ)ｎ、(ＧＡＡ)ｎ、(ＧＴ)ｎ、(ＧＡＴＡ)ｎ等，又被称为微卫星DNA标记（Microsatellite）或者SSLP（simple sequence length polymorphism） 是一种基于PCR技术根据其两侧独特的序列设计引物，进行ＰＣＲ扩增，再用琼脂糖凝胶或变性聚丙稀酰胺凝胶电泳分离产物，检测多态性的分子标记。 PCR （聚合酶链式反应） 历史：Kary B. Mullis, who was awarded the 1993 Nobel Prize in chemistry for his work, developed PCR in 1985. 原理：变性 94、复性54和延伸72，经过多个循环（30-40），使产物的量达到模板量的106-1010倍 反应体系：2个引物、模板DNA、Mg离子、dNTPs、缓冲液和热稳定性核酸聚合酶 仪器：热循环仪 SSR的 发展简史 对ＳＳＲ的研究始于动物基因组。 1974年ＳＫＩＮＮＥＲ等在寄居蟹ＤＮＡ中发现了一类串联重复序列(ＴＡＧＧ)ｎ。 1982年,ＨＡＭＡＤＡ等在人心肌肌动蛋白(Ｈａ-25)的内含子中发现了一个重复25次的(ＴＧ)序列。 随后，在其它生物的研究中也发现了相似的串联重复序列。首先在人类和小鼠中建立了以ＳＳＲ为主的分子连锁图。 在农作物中这一技术应用相对较晚，目前已开展ＳＳＲ标记研究的作物有水稻、小麦、玉米、大豆、大麦、油菜等。 SSR的类型 根据ＳＳＲ核心序列排列方式的不同可将ＳＳＲ分为： 完全型(perfe